أنكر المتهمون وعددهم 652 جميع الاتهامات التي وجهتها لهم نيابة شرق القاهرة الكلية برئاسة المستشار محمد البشلاوي وجاسر المغربي مدير النيابة، بإشراف المستشار مصطفي خاطر المحامي العام للنيابات في أحداث الحرس الجمهوري بالبلطجة والتجمهر والتعدي على أفراد قوات الجيش والتعدي على منشأة عسكرية، وحمل أسلحة نارية وذخائر وأسلحة بيضاء والمساس بالأمن العام لتنفيذ غرضهم الإرهابي وتكدير الأمن والسلم العام وتعطيل حركة المرور. و أكد المتهمون في التحقيقات أنهم لم يقوموا بإطلاق النار علي قوات الحرس الجمهوري منكرين جميع الفيديوهات التي عرضت عليهم، كما أكدوا أن الجيش أطلق النار عليهم بكثافة، و أن هنالك قناصة كانت تطلق النيران من فوق الأسطح أثناء الصلاة. واكد البعض الآخر انه كان يؤدي صلاة الفجر في المسجد المقارب لدار الحرس الجمهوري، إلا انه تم حجزهم بداخله من قبل قوات الأمن، و عند انتهاء الأحداث تم احتجازهم بأحدي مؤسسات الأمن ثم اقتيادهم للنيابة، و ذلك بعد امتناعهم عن الإدلاء بأقوالهم إلا أن النيابة أكدت لهم انهم بصمتهم سيضيع حقهم فقالوا تلك الأقوال. و علي الرغم من ذلك امتنع جزء كبير من الإدلاء بأقواله أمام النيابة و طالبوا بندب قاضي من وزارة العدل للتحقيق معهم. و قامت النيابة من جهتها بعرض الأسلحة المحرزة، و التي ضمت أسلحة آلية و بنادق روسية الصنع علي المتهمين فأنكروا جميعا معرفتهم بها، لتصدر النيابة قرارها ، بحبس206 متهم في أحداث اشتباكات دار الحرس الجمهوري 15 يوماً على ذمة التحقيقات ، كما أمر بإخلاء سبيل 446 متهم بكفالة 2000 جنيه.