شنت التيارات والقوي السياسية حرب شرسة علي الدكتور علي جمعة، مفتي الجمهورية، لقيامه بزيارة القدس، واعتبرت القوي السياسية ان زيارة المفتي للقدس هو تطبيع مع العدو الاسرئيلي. فقد قال الدكتور احمد بهاء شعبان، وكيل مؤسسي حزب التحالف الشعبى الاشتراكى، إن الزيارة تعد خرقاً لكافة المواثيق التى أجمعت عليها القوى الوطنية والقومية بعدم زيارة الأراضى المحتلة، وعدم التطبيع مع الكيان الصهيونى. وطالب شعبان بمحاسبة المفتى على هذه الزيارة، مؤكداً أن موقفه يعد تجاهل لأساليب العنف والقتل التى تشنها قوات الاحتلال الصهيونى على الفلسطينيين العزل، وأضاف أن المفتى انتهك كل الأعراف والمواثيق التى وضعتها القوى الوطنية، وأضاف شكر أنه لا يجب على البرلمان أن يتجاهل زيارة المفتى للقدس، وإلا يغفلها وينشغل فى بقية القضايا مثل الدستور وانتخابات الرئاسة وغيرها من القضايا. من جانبه وصف الشيخ علاء ابو العزائم، شيخ الطريقة العزمية، زيارة المفتي الجمهورية للقدس المحتلة بانها "عار" كان المفتي في غني عن هذا الموقف الذي سوف يلازمه طوال حياته، مطالبا المؤسسات الدينية والقوي السياسية باتحاذ موقف من هذه الزيارة . واوضح ابو العزائم ان ما قام به مفتي الجمهورية يجب ان يحاكم محاكمة شعبية وحان الوقت لعزل مشايخ السلطان عن المؤسسات الدينية في مصر. فيما اعتبر المتحدث باسم الجبهة السلفية الدكتور خالد سعيد ان زيارة الدكتور على جمعة مفتى الجمهورية لمدينة القدسالمحتلة تسئ الي الازهر الشريف والمؤسسة الدينية في مصر وتسير لجميع المصريين، مطالبا ان يتم عزل المفتي عن دار الافتاء واسقاط رجال الدين المحسوبين علي السلطة، معتبرا ان قبوله زيارة القدسالمحتلة بتأشيرة اسرائيلة هي تأكيد علي قبوله التطبيع مع العدو التاريخي للعرب. ووجه أسعد هيكل منسق لجنة الحريات بنقابة المحامين، نقدا شديدا للدكتور على جمعة مفتى الجمهورية، بسبب زيارته للقدس لافتتاح كرسى الإمام الغزالى للدراسات الإسلامية، ووصف زيارة المفتى بأنها نوع من التطبيع مع إسرائيل. وطالب هيكل بمحاكمة مفتي الجمهورية بتهمة التطبيع مع العدو الصهيوني ، مقارنا بين موقفه وموقف البابا شنودةة الثالث الذي رفض زيارة القدس او زيارة اي مسيحي لها قبل تحريرها، واصفا زيارته بانها عار علي دار الافتاء وعار علي مصر والمجلس العسكري.