أكد محمد رفاعة الطهطاوي، رئيس ديوان رئيس الجمهورية في عهد الرئيس المعزول محمد مرسي، أن مراسلات الجهات السيادية، ومنها: «وزارات الدفاع، والداخلية، والخارجية، والمخابرات العامة، والحربية»، لم تكن تعبر للرئيس من خلاله كونه رئيس ديوان رئيس الجمهورية. وأوضح الطهطاوي، خلال إفادته بمحاكمة الرئيس المعزول، وآخرين في «التخابر مع قطر»، بأن تلك المراسلات كانت تعرض على الرئيس، إما مباشرةً عبر رئيس الجهة، أو عن طريق مظروف يسلم لمكتب رئيس الجمهورية مباشرةً، مُشددًا في هذا الشأن على أن ذلك النوع من المراسلات، كان يتوجه مباشرةً لمكتب الرئيس. وأجاب على سؤال المحكمة، عن من هو المسئول عن عرض التقارير الخاصة بالقوات المسلحة ووزارة الدفاع، بقوله: «كبير الياوران مهمته هي حلقة الإتصال بين الرئيس والقوات المسلحة، فكان يقوم بهذا الدور أيضاً». وأضاف الطهطاوي، في هذه النقطة، بأن المراسلات من هذا النوع من وثائق عسكرية، كانت توجه مباشرةً إلى قائد الحرس الجمهوري، أو كبير الياوران ليعرضوها هم بدورهم على الرئيس حينها، مشيراً إلى أنه وبعد العرض، تُحفظ بأرشيفٍ سري في مكتب الرئيس . وأسندت النيابة إلى الرئيس المعزول محمد مرسي، وبقية المُتهمين اتهامات عديدة، من بينها ارتكاب جرائم الحصول على سر من أسرار الدفاع، واختلاس الوثائق والمُستندات الصادرة من الجهات السيادية للبلاد والمُتعلقة بأمن الدولة وإخفائها وإفشائها إلى دولة أجنبية، والتخابر معها بقصد الإضرار بمركز البلاد الحربي والسياسي والدبلوماسي والاقتصادي وبمصالحها القومية. كما نسبت النيابة للمتهمين طلب أموال ممن يعلمون لمصلحة دولة أجنبية، بقصد ارتكاب عمل ضار بمصلحة البلاد، والاشتراك في اتفاق جنائي الغرض منه ارتكاب الجرائم السابقة، وتولي قيادة والانضمام لجماعة إرهابية تأسست على خلاف أحكام القانون الغرض منها الدعوة إلى تعطيل أحكام الدستور والقوانين ومنع مؤسسات الدولة والسلطات العامة من ممارسة أعمالها والاعتداء على الحريات.