أعربت المنظمة عن أسفها البالغ إزاء استمرار ظاهرة إحالة المدنيين للمحاكمات العسكرية ومحاكم أمن الدولة العليا طوارئ ،و هو ما يعد انتهاكاً واضحا وصريحا لحق كل شخص في المثول أمام قاضية الطبيعي والتظلم أمام محكمة أعلى والحق في المثول أمام محكمة مستقلة منشأة بحكم القانون، وعليه فإنها تطالب بإحالة المذكورين للمحاكمة أمام قاضيهم الطبيعي، لضمان تمتعهم بكامل حقوقهم القانونية في التدرج أمام المحاكم ، والطعن على الأحكام بمقتضى القانون، وتناشد رئيس الجمهورية بإعمال صلاحياته الدستورية والقانونية من أجل إيقاف تنفيذ الحكم ، بل ووقف إحالة المدنين للمحاكمة أمام القضاء العسكري ومحاكم أمن الدولة العليا طوارئ. كما طالبت المنظمة المصرية في الوقت ذاته برفع حالة الطوارئ المفروضة منذ عام 1981 وحتى الآن والعودة إلى الشرعية الدستورية والقانون الطبيعي، لكون هذه الحالة تتعارض مع المواثيق الدولية المعنية بحقوق الإنسان والدستور المصري، وانتقاء مبررات فرضها ومدى خطورة التداعيات السلبية لهذه الحالة على منظومة الحقوق والحريات العامة، مشددة على أهمية استجابة الحكومة لتوصيات المجلس الدولي لحقوق الإنسان بشأن رفع حالة الطوارئ قبل نهاية شهر أبريل الحالي وذلك في إطار المراجعة الدورية الشاملة لملف مصر بشأن وضعية حقوق الإنسان. كان النائب العام المستشار "عبد المجيد محمود" قد أصدر قرارا بإحالة كل من د. أشرف عبد الغفار أمين عام مساعد نقابة الأطباء ووجدي عبد الحميد غنيم داعية إسلامي وعوض محمد القرني سعودي الجنسية داعية إسلامي وأسامة محمد سليمان رئيس مجلس إدارة شركة الصباح للصرافة وإبراهيم منير مصطفى إلى محكمة أمن الدولة العليا طوارئ، وذلك في انتهاك للحق في المحاكمة أمام القاضي الطبيعي المكفول بمقتضى الدستور والمواثيق الدولية المعنية بحقوق الإنسان. تعود وقائع القضية إلى شهر يوليو عام 2009 بناء على تحريات من قبل مباحث أمن الدولة قدمت إلى النيابة بأن المتهمين سالفي الذكر أمدوا جماعة أسست على خلاف أحكام القانون الغرض منها الدعوة لتعطيل أحكام الدستور والقوانين ومنع مؤسسات الدولة والسلطة العامة من ممارسة أعمالها بأموال مع علمهم بأغراضها، كما نسبت للمتهم الخامس الاتهام بتلقي الأموال التي تحول لصالح الجماعة من الخارج على حسابه بالكثير من البنوك العاملة في مصر وضخها في المشروعات الاقتصادية الخاصة بالجماعة والحصول على الإرباح الناشئة عنها لتمويل أنشطة الجماعة . على الجانب الآخر أكدت المنظمة المصرية أنه بموجب هذا القرار سيتم محاكمة المتهمين أمام محكمة أمن الدولة العليا- طوارئ والتي أنشئت بموجب قانون الطوارئ رقم 162 لسنة 1958 وتعديلاته- باعتبارها محاكم استثنائية لا يجوز الطعن على أحكامها ، مما يتعارض جملة وتفصيلاً مع الدستور والمواثيق الدولية المعنية بحقوق الإنسان والتي صادقت عليها الحكومة المصرية وأصبحت جزء لا يتجزأ من قانونها الداخلي وفقاً للمادة 151 من الدستور.