أقيمت دعوى قضائية أمام محكمة القضاء الإداري بمجلس الدولة، للمطالبة بإصدار حكم قضائي ببطلان قرارات الندب الجماعي من الهيئة إلى وزارة التربية والتعليم. وحملت الدعوى التي تقدم بها أسامة أبو ذكرى المحامي، وكيلا عن عدد من العاملين بالهيئة القومية لضمان جودة التعليم، والتي حملت رقم 62918 لسنة 68 قضائية. واختصمت الدعوى كلًا من: رئيس مجلس الوزراء، ووزير التربية والتعليم، ورئيس هيئة جودة التعليم - أن المادة 14 من القانون تنص على استقلالية الهيئة عن وزارة التربية والتعليم، لأنها هيئة اعتماد للمدارس والجامعات. وأضافت أن: قرار رئيس الهيئة بالندب الجماعي للموظفين يأتي في إطار خطة دمج الهيئة بالوزارة، معتبرًا أن ذلك يؤدى إلى انهيار عملية الاعتماد، وخروج مصر من هيئة الاعتماد الدولية.