أقام أحد المحامين، وكيلا عن عدد من العاملين بالهيئة القومية لضمان جودة التعليم، دعوى قضائية أمام محكمة القضاء الإداري بمجلس الدولة، للمطالبة بإصدار حكم قضائي ببطلان قرارات الندب الجماعي من الهيئة إلى وزارة التربية والتعليم وحملت الدعوى رقم 62918 لسنة 68 قضائية. واختصمت الدعوى رئيس مجلس الوزراء، ووزير التربية والتعليم، ورئيس هيئة جودة التعليم، مستندة إلى أن المادة 14 من القانون تنص على استقلالية الهيئة عن وزارة التربية والتعليم، لأنها هيئة اعتماد للمدارس والجامعات. وأضافت الدعوى أن، قرار رئيس الهيئة بالندب الجماعي للموظفين يأتي في إطار خطة دمج الهيئة بالوزارة، معتبرًا أن ذلك يؤدي إلى انهيار عملية الاعتماد، وخروج مصر من هيئة الاعتماد الدولية.