قال الدكتور معتز بالله عبد الفتاح- أستاذ العلوم السياسية فى مقال له بعنوان "الأزهر فى الدستور الجديد"- إن هناك ثلاث مدارس تناقش هذا الأمر، أولها يرى أن الأزهر لا بد أن يكون المرجعية النهائية أو الأساسية فى تفسير مبادئ الشريعة. ومدرسة ثانية ترى أن الأزهر لا بد أن يكون مرجعية استشارية يعود إلى هيئة كبار علمائه كل من البرلمان ورئيس الجمهورية، فى الأمور التى يريا أنها قد تكون موضع جدل فقهى. وهذا ما كان يحدث من قبل فى بعض القضايا المثيرة للجدل، مثل قانون نقل الأعضاء هناك. وثالثةتعترض على هذه المرجعية الاستشارية أيضًا؛ لأنها قد تعطى للرئيس الحق فى استغلال الأزهر كواجهة لتمرير العديد من القرارات أو رفض تمريرها. وأوضح فى النهاية أن أى دور سياسى للأزهر، قد ينقص كثيرا من دوره العالمى كمؤسسة دعوية وسطية لنشر الإسلام السنى، وسيفقدنا القيمة الروحية للأزهر، وسيجعل المناصب داخل الأزهر وكأنها ساحة للتنافس، شأنها شأن المناصب السياسية فى البرلمان أو السلطة التنفيذية. وأشار إلى أنه لا بد من تحصين الأزهر من أن يكون ساحة للتنافس الحزبى، ولا بد من تحصينه ضد أن يكون أداة لسيطرة فريق على حياتنا السياسية والروحية بما لا يخدم شرع الله. وأكد على أن الأزهر لا بد أن يذكر فى الدستور باعتباره هيئة علمية تعليمية وطنية عالمية، يحظر على العاملين فى هيئاتها العليا الانتماء الحزبى أو تقلد أى مناصب سياسية أثناء خدمتهم فى الهيئات العليا للأزهر الشريف، ويدير الأزهر شئونه وفقا لقانونه، ولا يجوز استغلال اسم الأزهر الشريف أو الفتاوى الصادرة عنه فى الصراعات السياسية أو الحزبية.