شهدت جامعة النيل أوضاعا غير مستقرة منذ اليوم الأول لإنشائها وتبعيتها الأولى لوزارة الاتصالات، ومقرها المؤقت بالقرية الذكية، وحتى آلت مسؤوليتها لمدينة زويل،. رغم تعاقب ثلاث وزراء للتعليم العالي على مشكلتها، فإنها لم تجد حلا ينهي الأزمة التي تطورت إلى دخول الأمن المركزي الحرم الجامعي ويفض اعتصام طلاب الجامعة بالقوة الجبرية، تنفيذا لقرار المحامي العام الأول للنيابات المستشار مجاهد علي مجاهد. يوليو 2006: أسست المؤسسة المصرية لتطوير التعليم التكنولوجي بدعم من وزارة الاتصالات وتكنولوجيا المعلومات المصرية جامعة النيل كأول جامعة بحثية في مصر. فبراير 2011: صدر قرار من الفريق أحمد شفيق رئيس الوزراء الأسبق بنقل ملكية مقر الجامعة بمدينة الشيخ زايد إلى صندوق تطوير التعليم التابع لمجلس الوزراء. فبراير 2011: تقدم سيد بجيري، المحامي، ببلاغ إلى النائب العام المستشار الدكتور عبد المجيد محمود اتهم فيه كلا من الدكتور هاني هلال وزير التعليم العالي، وأحمد نظيف رئيس مجلس الوزراء السابق، وطارق كامل وزير الاتصالات، بالاستيلاء على ما يزيد عن 2 مليار جنيه قيمة أرض ومباني جامعة النيل. أبريل 2011: قررت وزارة التعليم العالي والدولة للبحث العلمي، بدء إجراءات نقل جامعة النيل إلى مقر جديد بمدينة الشيخ زايد. مايو 2011: اعتصام طلاب جامعة النيل بالقرية الذكية اعتراضا على تأخر نقلهم إلى المقر الجديد بالشيخ زايد، والذي تم الانتهاء منه بتكلفه65 مليون جنيه. يونيو 2011: يرفض الدكتور أحمد زويل حضور مؤتمر لطلاب جامعة النيل، ويتراجع عمرو عزت سلامة عن وعده بالنقل بعد اجتماع من الدكتور زويل. أكتوبر 2011: قام الدكتور عصام شرف رئيس الوزراء الأسبق بتخصيص مقر جامعة النيل لمدينة زويل للعلوم والتكنولوجيا. أبريل 2012: نظم العشرات من أساتذة وطلاب وباحثي وأولياء أمور جامعة النيل، وقفة احتجاجية أمام مجلس الشعب؛ اعتراضًا على قيام الدكتور أحمد زويل "بالاستيلاء على أراض ومبانى وتجهيزات وأموال الجامعة" حسب تعبيرهم، بعد قرار عصام شرف بتخصصها لمدينة زويل للعلوم والتكنولوجيا. أغسطس 2012: دخل العشرات من الأساتذة وطلاب الجامعة في اعتصام مفتوح داخل مباني الجامعة اعتراضًا على نقل ملكية مباني الجامعة إلى مدنية الدكتور أحمد زويل. 30 أغسطس 2012: قررت النيابة تمكين الدكتور أحمد زويل "بالقوة الجبرية" من جميع المنشآت الموجودة بجامعة النيل، التي تحولت إلى مدينة زويل. في الواحدة ظهرًا 17 سبتمبر 2012: طالبت الأجهزة الأمنية معتصمي جامعة النيل بفض اعتصامهم بشكل سلمي محذرة من فض الاعتصام بالقوة الجبرية تنفيذًا لقرار المحامي العام. في الثالثة عصر 17 سبتمبر 2012: اندلعت أحداث شغب بين رجال الشرطة وطلاب جامعة النيل داخل المدينة الجامعية أثناء تنفيذ الشرطة لقرار المحامي العام بفض الاعتصام بالقوة الجبرية، وتم إلقاء القبض على 5 طلاب أثناء تعديهم على قوات الأمن بالضرب أثناء تنفيذ القرار. في الرابعة عصر 17 سبتمبر 2012: أدانت حركتي 6 أبريل وكفاية استخدام القوة في فض الاعتصام السلمي لطلاب جامعة النيل، وأعلنت الحركتان تضامنهما مع طلاب الجامعة، رافضة أي حلول أمنية وعنيفة لفض الاعتصام.