تعد العلاقات المصرية الجنوب سودانية، من العلاقات المتميزة، والتي تتوج بعد قمة بين الرئيس عبد الفتاح السيسي ونظيره الجنوب سودانى سيلفاكير، في قصر الاتحادية اليوم. ويمثل جنوب السودان أهمية استثنائية بالنسبة لمصر لما يمثله من عمق أمنى واستراتيجي، ولعلاقاتنا التاريخية معه الضاربة في جذور التاريخ باعتباره أرض التلاقي والتواصل العربي الإفريقي، وكذلك بما يملكه من فرص وإمكانات واعدة، وتبذل مصر مساعي كبيرة لتوطيد علاقاتها الحالية مع الجنوب في إطار استراتيجية شاملة لتطويرها، من أجل دعم التنمية وتحقيق السلام والاستقرار بين دولتي السودان. وكانت دولة جنوب السودان قد قررت إجراء استفتاء شعبي للانفصال عن الشمال، وجاءت نتيجته كاسحة بموافقة 98% من أبناء شعب جنوب السودان بالموافقة على الانفصال، والذي أعلنت نتيجته في فبراير 2011، وتم الإعلان عن دولة جنوب السودان المستقلة في 9 يوليو 2011 وسارعت مصر إلى إعلان دعمها لدولة جنوب السودان والاعتراف بها دولة مستقلة، وإقامة علاقات دبلوماسية معها، وذلك في إطار حرص مصر على رغبة أبناء الجنوب في أن تكون لهم دولة مستقلة خاصة بهم ومنفصلة عن الشمال، واستمرت العلاقة القوية بين مصر والسودان سواء الشمال أو الجنوب، بل وتم تطويرها وتنميتها لتبقى مصر كما كانت دائما مساندة للشعب السوداني شماله وجنوبه. تحرص مصر وجنوب السودان على أهمية التنسيق بين البلدين في ما يتعلق بحوض نهر النيل، حيث هناك فرصًا عديدة للاستثمارات المصرية في الصناعات الغذائية والاستفادة من الموارد المتاحة في جنوب السودان ، كما أن هناك تنسيقًا وثيقًا مع جنوب السودان لتحقيق الاستقرار في جنوب السودان والقرن الأفريقي والقارة الإفريقية للتوصل إلى حلول للصراعات بالطرق السلمية. وشهدت العلاقات المصرية مع دولة الجنوب تطورا كبيرا في أعقاب استقلالها، بدأت بمشاركة وفد مصري رفيع المستوى في احتفالات إعلان الدولة الذى أقيم في جوبا، وأعلن الوفد المصري خلال الاحتفال حرص مصر على تعزيز العلاقات ودعمها مع الأشقاء في الجنوب. وفى إطار دعم مصر لدولة جنوب السودان، أرسلت مصر أكبر قوة لقوات حفظ السلام الدولية بجنوب السودان، حرصا على دعم استقرار الدولة، وتسعى مصر إلى زيادة دعمها لدولة جنوب السودان في مجالات التعليم والصحة والمشروعات الخدمية والبنية التحتية، والتعاون المشترك في كافة المجالات.
