انقسمت الطرق الصوفية، بين الفريق أحمد شفيق، والدكتور محمد مرسي، في جولة الإعادة من الانتخابات الرئاسية، فبعد أن وافقت الجمعية التأسيسية لمشايخ الطرق الصوفية بأغلبيتها على دعم "شفيق" أكد بعض مشايخ الطرق الصوفية إنهم يدعمون "مرسي" وأن الإخوان من الصوفية، والصوفية منهم. وقال الشيخ طارق ياسين الرفاعي شيخ الطريقة الرفاعية في تصريحات ل"الوطن": "هناك اتجاه داخل البيت الصوفي، يرى أن جماعة الإخوان المسلمين من أفضل الفصائل السياسية، وأن اختيار "مرسي" سيكون انتصارًا لثورة 25 يناير ومبادئها". مضيفًا: "أنا على يقين أن الصوفية لن تعيد عقارب الساعة إلى الوراء، ولن تنتخب من كان سببًا في تدهور البلاد أو أحد المحسوبين على النظام السابق". وقال الرفاعي : "ذهبت إلى مكتب الإرشاد لأعلن دعمي لمرسي". لافتًا إلى أنه التقى محمود غزلان عضو مكتب الإرشاد، الذي تعهد بالحفاظ على الأضرحة الشعائر الصوفية، وأخبره أن الإخوان يعتبرون الصوفية رافدًا أساسي للجماعة، والفكر الصوفي يشبه فكرهم، خصوصًا أن حسن البنا كان "صوفيًا شاذوليا". وأكد أن الصوفية والإخوان نسيج واحد لا ولن يتجزأ، لأن الصوفية من والإخوان، والإخوان من الصوفية. في المقابل كان الشيخ عبدالمجيد الشرنوبي شيخ الطريقة البرهامية الشرنوبية قال إن كتلة الصوفية التصويتية في جولة الإعادة ستذهب في اتجاه بعد أن قررنا في اجتماع الجمعية التأسيسية لمشايخ الطرق الصوفية دعمه. وشدد على أن الصوفية لن تدعم أيا من الإسلاميين، لأنهم يحاربون أهل البيت والأضرحة. كما أكد الشيخ علاء أبوالعزائم شيخ الطريقة العزمية أنه مع شفيق قلبًا وقالبًا لأنه صوفي وجده كان "شيخ طريقة".