"حمد بن خليفة آل ثان" و"حمد بن جاسم"، اسمان جاءا ضمن فضيحة "وثائق بنما"، حيث أثبتت الوثائق المسربة، والتي كشفت فساد 12 رئيس دولة و143 سياسيا حول العالم، تورط أمير قطر السابق ورئيس وزرائها ووزير خارجيتها السابق في تلك الفضيحة العالمية، وقيامهما بأعمال إخفاء ثروات وغسيل أموال وتهرب ضريبي. "وثائق بنما" تشير إلى تواصل أمير قطر السابق بعد عام من تنحيه عن الحكم مع شركة "موساك" لإخفاء ما حققه من مكاسب عبر شراء إحدى الشركات المسجلة فى جزر "فيرجين" البريطانية، وشركة أخرى اسمها "رين وياليس" من سبتمبر 2013، التي لها وديعة في بنك "أوف تشينا" في لوكسمبورج، موضحة أن أمير قطر السابق كان يملك غالبية الأسهم في الشركتين، ليستحوذ هو ورئيس وزراء قطرالسابق على 25% من أسهمهما. تهم الفساد الموجهة إلى حاكم قطر السابق، والتي كشفتها وثائق "بنما"، تغاضت قناة "الجزيرة" القطرية عن عرضها، ورغم أن موقعها الالكتروني عرض تقرير بعنوان : "وثائق بنما المسربة تكشف تورط مشاهير وقادة"، لم يشر فيه من قريب أو بعيد إلى تورط "آل ثان"، بل تناول الوثائق بتشكيك، حيث كانت معظم التقرير يأخذ المعلومات المتواجدة في الوثائق، التي نشرتها كافة وسائل الإعلام العالمية في إطار "الزعم" و"الإدعاء". وثائق "بنما"، ليست الفضيحة الأولى، التي تتعلق بالنظام الحاكم، التي تغض "الجزيرة" الطرف عنها، ففي نوفمبر 2013، أدانت منظمة العفو الدولية قطر، واتهمتها بانتهاك حقوق العمال في تقرير لها نشر بالتزامن مع بدء العمل في بناء ملاعب كأس العالم الذي تستضيفه الدوحه في 2022. "الجانب المظلم لهجرة العمال: أضواء على قطاع البناء في قطر"، هذا عنوان تقرير منظمة العفو الدولية، حيث كشفت النقاب عما يتعرض له العمال الأجانب من انتهاكات قالت إنها تتم بشكل ممنهج وواسع النطاق، مما يجعل عملهم في بعض الحالات بمثابة عمل سخرة، موضحة أن أحد المسؤولين عن عمليات التشييد، أشار إلى العمال لديه بأنهم "حيوانات"، ولم تكتف "الجزيرة" بالصمت جراء ما جاء في التقرير، بل نفت على لسان شركة فرنسية تعمل في قطر تشغيل عمالة بالسخرة، بل أفادت صحيفة "التليجراف" إلى تقديم قطر رشوة لشركة التحقيق فى أوضاع العمالة الأجنبية. "رشوة الفيفا"، فضيحة أخرى لم تتناولها "الجزيرة"، وهو ما تناولته وسائل إعلام عالمية عن التحقيق في تقديم قطر رشوة لاستضافة كأس العالم 2022، ورغم أن صحف العالم، تحدثت عن وجود اتهامات بتلقي اللجنة المشرفة على تنظيم كأس العالم رشوة من "قطر" لاستضافة البطولة. احتجاز المدون المصري تامر مبروك و140 عاملًا مصريًا في سجون قطر بدون وجه حق، ومساومته للتنازل عن حقوقه أو الاستمرار في السجن، انتهاك آخر تغاضت عنها "الجزيرة"، ولم تعرضه على شاشتها، رغم ما كشفته الشبكة العربية لمعلومات حقوق الإنسان من انتهاكات.