وجه الفريق أحمد شفيق رسالة الى الدكتور محمد بديع المرشد العام لجماعة الاخوان المسلمين قال فيها "لك كل الاحترام كرئيس لجمعية الاخوان ومن أجل أن أعضاء الاخوان اختاروك مرشدا لهم ، ولكن أرجو ألا تفرض علينا دروسك، اقفل عليك بابك ولم صبيانك – حسب كلامه – وكلمهم براحتك ولكن من انت حتي تتحدث الي دولة وشعب". وأضاف شفيق خلال حواره علي قناة القاهرة والناس مع الدكتور عبد الرحيم علي " أن اجماع الاخوان علي المرشد لا يتيح له أن يحكم علي الأمور بذلك الشكل لأنه ليس لد دور فعلي في البلاد ، ومتسائلا لا أعلم لماذا الرئيس وزمايله – حسب تعبيره – والدولة لا يقولوا أن جماعة الاخوان جمعية، الا لو كان ذلك نوع من المحاباة لتشكيل الجماعة ولو كان الأمر كذلك فغدا سيكون هناك جماعه مثلها تماما وأنا قادر علي ذلك وبنفس اسلوب العمل والتمويل، ويوجد جماعة الاخوان المسيحيين والصوفيين وغيرهم لهم نفس سمات الاخوان. وأوضح شفيق أن جماعة الاخوان كانت جماعه محظورة ويمكن تسميتها بأي اسم، أما الآن لا يمكن ونريد أن نعلم ما هي خصائص الجماعات في مصر. وسخر شفيق من تصريحات بعض أعضاء جماعة الاخوان حول رصد عدد من المخططين لتخريب مصر قائلا " انتم كنتم قاعدين أيام السجن وسمعتم وانتم تتنصتوا واشعتوا ما سمعتموه على الملأ، ولا يجب أن تعاير الناس بما تتنصت عليه"، وأضاف موجها كلامه الي أحد قيادات الاخوان " انت قلت لواحد في التليفون قل للمرشد أن نائب الرئيس القادم والذي سيتم تعيينه يجب أن يكون من الاخوان حتي يظل الحكم في يد الاخوان". كما وجه رسالة أخرى الى الاخوان قائلاً " لدي تفاصيل كثيره جدا عنهم ، ويجب ان يدرك الناس أنه ليس لديكم خبره وخليكم في التجاره اللي شغالين فيها وحاولوا أن تصلحوا حال البلد" . كما وصف المرشح الرئاسي السابق أحد الذين تحدثوا عن مؤامرة خطف الرئيس بأنه ليس له شخصية، وأنه لا يعلم ماذا يعني بمؤامره لخطف الرئيس ، وقال له " حلل نفسك الأول " ، مؤكدا اننا لن نكون دولة للمرشد أو بالنظام الايراني مع احترامي الكامل للنظام الايراني، ولكن مصر دولة سنية صوفيه تجمع بين جميع أطياف الشعب ، وأن القوات المسلحة هي الصمام الأخير لحماية مصر وأنها الجدار النهائي ويجب احترام المؤسسه العسكرية لأنها أجرأ مما يتخيل الجميع، والجيش والشرطه يستحيل أن تكون "ملطشه " – علي حد قوله – لأحد.