رحب حزب المصريين الأحرار بالانتخابات الرئاسية، لكنه اكد - فى بيان له- أن ثورة 25 يناير لم تقدم كل هذه التضحيات لكي يخير المصريون في النهاية بين حكم جماعة أو عودة النظام القديم، موضحا ان نتيجة الانتخابات لا تلبى أحلامه وتطلعات المصريين في بناء الدولة المدنية الحديثة المتحررة من ثنائية الاستبداد الديني والعسكري وأن هذه النتيجة تحمل في طياتها مخاطر تهدد بإقصاء قوى الثورة وبعودة ممارسات الاستعباد والاستبعاد القديمة ضد التيار المدني الرافض لزواج السلطة بالثروة أو تستر السلطة بالدين. وأكد الحزب على ضرورة إرساء نظام مدني ديمقراطي يقوم علي سيادة القانون والمواطنة ويعمل علي تحقيق أهداف الثورة، وفي مقدمتها العدالة الاجتماعية والكرامة الإنسانية وعدم المساس بحقوق المرأة وبالحريات الخاصة والعامة ومنها حريات العقيدة والعبادة والتعبير والمساواة الكاملة بين المواطنين في تولي جميع مناصب الدولة مؤكدا على التزامه المطلق بمواصلة النضال ضد كافة أشكال الفساد السياسي والإرهاب الفكري والديني وكل محاولات فرض الفاشية الجديدة باسم الحكم الإلهي أو باستغلال حاجة الناس للأمن والاستقرار. كما اعرب الحزب فى بيان له عن مخاوفه وقلقه العميق من خطر احتكار تيار أو جماعة لكل السلطات بما يحمله ذلك من مخاطر تحويل مصر لدولة دينية يحكمها المرشدون والأئمة وأمراء الطوائف والمذاهب والمرجعيات العليا المقدسة كما أنه يحذر فى الوقت نفسه من محاولات عسكرة الحياة السياسية المصرية وإعادة إنتاج النظام القديم بكل ممارساته القمعية والأمنية. وتعهد حزب المصريين الأحرار بمواصلة النضال بالتنسيق مع كافة القوى المدنية لاستكمال أهداف ثورة 25 يناير والحفاظ على المكتسبات الديمقراطية للشعب المصري، داعيا كافة القوى والأحزاب المدنية المصرية إلى الانتباه للمؤامرة التي تحاك ضد دستور مصر القادم مؤكدا أن الدستور هو القضية الأهم والأكبر من الرئيس والرئاسة ويجب أن تقوم علي كتابته جمعية يتم تشكيلها بمعايير وطنية توافقية تضمن التمثيل العادل لكل عناصر المجتمع، وألا تحتكره الأغلبية، خاصة بعد أن تأكدت أغلبية الإسلام السياسي بعد الجولة الأولى من الانتخابات الرئاسية، أن الأغلبية متغيرة وليست أبدية، وأن المصريين يستطيعون أن يسحبوا تأييدهم ويسقطوا الشرعية عن أي تيار سياسي مهما كانت قوته في أي لحظة. وأكد البيان على ثقته فى الشعب المصري وفي قدرته علي حماية دولته المدنية وهويته الحضارية حتي وان تكاثفت عليه الغيوم وتكالبت عليه قوى الفساد والظلام في غفلة من الزمن على حد وصف البيان.