طالبت مؤسسة حرية الفكر و التعبير جامعة عين شمس بالتزام الشفافية والوضوح في كشف تفاصيل ما أطلق عليه "بروتوكول أمني" بين الجامعة وجهاز المخابرات المصرية لأعضاء المجتمع الأكاديمي بشكل خاص وللرأي العام بشكل عام مع توضيح حدود الدور الذي سيلعبه جهاز المخابرات داخل الجامعة وكذلك الاتفاق المادي بين الجهتين. وتسائلت المؤسسة في بيان له اليوم هل تم إجراء حوار داخل المجتمع الأكاديمي "أعضاء هيئة تدريس، طلاب، موظفين" بخصوص مثل هذا "الاتفاق" ومدى تأثيره على استقلال الجامعة أو الحركة الطلابية، أم أن الإدارة انفردت باتخاذ مثل هذا القرار. وتبدى مؤسسة حرية الفكر والتعبير تخوفها من أن يكون توقيع هذا البروتوكول خطوة في طريق عسكرة الجامعات والتأثير على استقلالها أو أن تكون هذه الخطوة بهدف التضييق على الحركة الطلابية المتصاعدة خلال الفترة الأخيرة،ولذلك طالبت المؤسسة الجامعة بوضع ضمانات حقيقة لعدم تدخل المخابرات أو غيرها من أجهزة أمنية في نشاط الطلاب أو عمل أعضاء هيئة التدريس داخل الجامعة. و بنسبة للاتفاق المالي ، فحسبما نشر في الصحف أن الاتفاقية شهدت خلافا بين جهاز المخابرات وإدارة الجامعة حول التكلفة الخاصة بهذا المشروع، حيث إن المخابرات طالبت الجامعة بمبلغ (خمسة) ملايين جنيه، في حين أن الإدارة لا تريد سداد أكثر من (ثلاثة) ملايين جنيه، للتمكن من تعميم التجربة على بقية كليات الجامعة، دون تأثر الميزانية الخاصة بالجامعة، واتفق الطرفين على حل وسط وهو أن تدفع إدارة جامعة عين شمس (أربعة ملايين ونصف المليون) مقابل الخدمات الأمنية للجهاز. وأكدت المؤسسة على ضرورة إفصاح الجامعة عن تفاصيل الاتفاق بينها و بين المخابرات في أسرع وقت ممكن على أن يشمل الجانبين المالي و الأمني و توضيح الدور الذي ستلعبه هذه الجهة السيادية من خلال هذا البروتوكول. كما أعلنت المؤسسة أنها ستعمل على مراقبة وكشف أي انتهاكات تحدث داخل الحرم الجامعي تجاه الحريات الطلابية و الأكاديمية من أى جهة أمنية أو إدارية تحت أي مسميات