طالبت مؤسسة «حرية الفكر والتعبير» بجامعة عين شمس، بالتزام الشفافية والوضوح في كشف تفاصيل ما أطلق عليه «بروتوكول أمني» بين الجامعة وجهاز المخابرات، لأعضاء المجتمع الأكاديمي بشكل خاص وللمجتمع بشكل عام مع توضيح حدود الدور الذي سيلعبه جهاز المخابرات داخل الجامعة، وكذلك الاتفاق المادي بين الجهتين. وتتسائلت المؤسسة، في بيان لها، «هل تم إجراء حوار داخل المجتمع الأكاديمي، أعضاء هيئة تدريس، طلاب، موظفين، بخصوص مثل هذا الاتفاق ومدى تأثيره على استقلال الجامعة أو الحركة الطلابية، أم أن الإدارة انفردت باتخاذ مثل هذا القرار». وأبدت الحركه تخوفها من أن يكون توقيع هذا البروتوكول خطوة في طريق عسكرة الجامعات والتأثير على استقلالها أو أن تكون هذه الخطوة بهدف التضييق على الحركة الطلابية المتصاعدة خلال الفترة الأخيرة. ولذلك طالبت المؤسسة الجامعة بوضع ضمانات حقيقة لعدم تدخل المخابرات أو غيرها من أجهزة أمنية في نشاط الطلاب أو عمل أعضاء هيئة التدريس داخل الجامعة.