كشفت مراكز بحثية الأمريكية في تقارير خلال تحليلها لقرارات الرئيس محمد مرسي الأخيرة، عن وجود اتصالات مسبقة بين المجلس العسكري ومؤسسة الرئاسة حول إقالة كبار رجال الجيش وإصدار إعلان دستوري جديد، محذرين في الوقت نفسه من أن السلطات تركزت كلها في يد الرئيس، متوقعين أن تعترض المحكمة الدستورية العليا علي قرار الرئيس بإلغاء الإعلان الدستوري. وكشف الباحث المتخصص في شئون الشرق الأوسط بكارنيجي للأبحاث ناثان براون عن اتصال مسبق آجراه مع مسؤول كبير في مؤسسة الرئاسة في بداية الشهر الجاري، الذي أكد له وجود مناقشات جارية داخل مؤسسة الرئاسة حول الإعلان الدستوري الجديد الذي أعلنه مرسي 12 أغسطس الجاري، بالإضافة إلي وجود اتصالات مع المجلس العسكري كجزء من عملية الصياغة. ورجح "براون" في التقرير المنشور علي موقع المعهد الأمريكي بعنوان سؤال وجواب حول تحركات مرسي الأخيرة، أن يكون هناك تنسيق بين الرئاسة والمؤسسة العسكرية حول قرارت مرسي، قائلا " نعم هناك تنسيق ولكن لا نعلم إلي أي حد، فقبول التعيينات الجديدة بسرعة يوحي علي الأقل بوجود بعض التشاور المسبق الجهات الفاعلة الرئيسية". وذكر "براون" أن أقوي مؤسسات في مصر: وهي رئاسة الجمهورية والمؤسسة العسكرية لايزال يسيطرون علي السلطة بقوة و يعملون معا، ولكن قرارت مرسي عززت أكثر من سلطة الرئاسة، الشريك الأصغر سابقا، ومقايضة دوره مع المجلس العسكري، مؤكداً أن هذه القرارات قلبت ميزان القوة بين اللاعبين علي الساحة السياسية. وقال "براون" أنه لم يحدث تغيير رئيسي في ترتيب خطوات المرحلة الانتقالية التي وضعها المجلس العسكري من قبل، والمتعلقة بإعداد الدستور ثم انتخاب البرلمان بعد ذلك، موضحاً أن التغيير يتمثل في أن هذه الخطوات أصبحت مستندة إلي رأي الرئيس وليس المجلس العسكري. وتوقع "براون" أن تقاوم عدد من مؤسسات الدولة هيمنة مؤسسة الرئاسة علي السلطات حرصا علي تأكيد استقلالية هذه المؤسسات، ولكن المعركة مع الرئاسة ستأخذ شكل حرب عصابات طويلة الأمد بدلا من المواجهة المفاجئ. وتنبأ "براون" استمرار الجمعية التأسيسية في عملها خاصة مع قدرة الرئيس علي تحصينها ضد حلها وأن تصدر في حال استمراها في العمل سريعا وثيقة تشبة دستور 1971م، محذراً في الوقت نفسه المعارضين للتشكيل الحالي للجمعية من التشكيك في شرعيتها حاليا، حيث أن فشل الجمعية الحالية سيجعل مرسي يعين أعضاء الجمعية بالكامل.