أنكر المتهمون ال652 في اشتباكات دار الحرس الجمهوري، خلال تحقيقات نيابة شرق القاهرة، جميع الاتهامات الموجهة لهم بالبلطجة والتجمهر والتعدي على أفراد قوات الجيش، والتعدى على منشأة عسكرية، وحمل أسلحة نارية وذخائر وأسلحة بيضاء، والمساس بالأمن العام لتنفيذ غرضهم الإرهابي، وتكدير الأمن والسلم العام، وتعطيل حركة المرور. كما أكد المتهمون في تحقيقات نيابة مصر الجديدة، أنهم لم يطلقوا النار على قوات الحرس الجمهوري، منكرين جميع الفيديوهات التي عرضت عليهم، كما أكدوا أن الجيش أطلق النار عليهم بكثافة، مع وجود قناصة اطلقت النيران من فوق الأسطح أثناء أداء الصلاة. وقال البعض الآخر إنه كان يؤدي صلاة الفجر في المسجد المقارب لدار الحرس الجمهوري، إلا أنه تم حجزهم بداخله من قبل الأمن، وعند انتهاء الأحداث تم احتجازهم بإحدى مؤسسات الأمن ثم اقتيادهم للنيابة، وذلك بعد امتناعهم عن الإدلاء بأقوالهم، إلا أن وكلاء النيابة أكدوا لهم أنه بصمتهم يضيع حقهم. وعلى الرغم من ذلك، امتنع جزء كبير من الإدلاء بأقواله أمام النيابة، وطالبوا بندب قاضي من وزارة العدل للتحقيق معهم. كذلك عرضت النيابة الأسلحة المحرزة، والتي ضمت أسلحة آليه وبنادق روسية الصنع، على المتهمين فأنكروا جميعًا معرفتهم بها. وأصدرت النيابة قرارها، بحبس 206 متهم في أحداث اشتباكات دار الحرس الجمهوري، 15 يومًا على ذمة التحقيقات، كما أمرت بإخلاء سبيل 446 متهم بكفالة 2000 جنيه.