كشفت منظمات حقوق الإنسان فى تقاريرها النهائية حول أعمال المراقبة الإنتخابية لجولة الإعادة بالمرحلة الثانية من الإنتخابات، على وقوع عدد كبير من الإنتهاكات التى لم تشهدها المرحلة المرحلة الأولى، وكان الغالب على المرحلة الثانية هو وقوع اشتباكات بين أنصار الأحزاب والمرشحين كانت تتدخل قوات الجيش لفضها قبل إندلاعها، واستمرار الدعاية الإنتخابية أثناء التصويت اختراقا لفترة الصمت الإنتخابى، وظاهرة جديدة هى التصويت بدون بطاقة الرقم القومى. فقد رصدت المؤسسات الحقوقية التى تراقب الإنتخابات ومنها مؤسسة عالم واحد للتنمية وحقوق الإنسان والنقيب للتدريب ودعم الديمقراطية، وكان أغلبها المشاجرات والتى أغلبها بين أنصار حزب الحرية الوعدالة مع أنصار حزب النور، كما رصدتالحملة الوطنية لمراقبة الإنتخابات بالنقيب عن مشاجرة بين الحزبين فى بنى سويف وفضها الجيش بقراء القرآن الكريم، والتصويت بدون بطاقة رقم قومى كما رصدت عالم واحد فى نهاية اليوم الثانى للإعادة، الغلق المؤقت للجان يتكرر مع كل صلاة. وكانت الظاهرة الأبرز خلال المرحلة الثانية هى استمرار الدعاية الإنتخابية المحظورة وكما رصدت مؤسسة النقيب فأنها تكررت فى اليوم الثانى فقط بواقع 1298 مرة من جميع المرشحين فى جميع المحافظات بالإضافة للدعاية الدينية المحظورة والمعاقب عليها قانونا، وكان أبرزها لحزبى النور والحرية والعدالة فى أسوان. كذلك لم تقوم اللجنة العليا للإنتخابات بإدراج كشوف الناخبين فى 821 مقر إنتخابى من لجان المرحلة الثانية، كما شهدت جولة الإعادة فى المرحلة الثانية انتهاك لم يكون متكررا كثيرا فى المرحلة الأولى، وهو منع مراقبى مؤسسات المجتمع المدنى من القيام بمهامهم، ليس فلقط على يد قوات الجيش والشرطة لكن أيضا على يد أنصار الأحزاب والمرشحين. وشهدت أيضا غلق اللجان قبل الميعاد المحدد لها، ووجود تسويد للبطاقات والرشاوى الإنتخابية أكثر مما حدث فى المرحلة الأولى، وتتبقى المرحلة الثالثة من الإنتخابات التى تثير تساؤلات عدة، هل ستستمر إدارة الإنتخابات من قبل اللجنة العليا بنفس الطريقة؟ وهل ستحدث التجاوازت وافنتهاكات التى تم ارتكابها فى المرحلة الأولى والثانية ولم تتخذ حيالها اللجنة العليا أى إجراء قانونى؟
