كشفت مصادر مسئولة عن وجود انقسامات داخل جامعة الأخوان المسلمين المحظورة، وذلك حول ترشيح المرأة والقبطي لرئاسة الجمهورية علي خليفة عملية المراجعة التى يقوم عليها عدد من قيادات الجماعة لبرنامج الحزب السياسى قبل إعلانه على الرأى العام فى صيغته النهائية، وأوضحت المصادر أن عددًا من قيادات الجماعة يرى ضرورة إلغاء البند الخاص برفض تولى المرأة والقبطى الرئاسة، فيما يقابله رأى يرغب فى الإبقاء على البند كما هو دون تغييرات عليه. هذا، وتبحث الجامعة الآن كيفية تغيير بعض بنود برنامج حزبها المعد مسبقًا الذى طرحته الجماعة للقراءة الأولى على النخبة والمثقفين قبل سنوات. من جانبه أوضح د. رشاد البيومى نائب مرشد جماعة الإخوان المسلمين، إن الجماعة تبحث برنامج حزبها وتقرؤه جيداً قبل إعلانه ولم تقرر بعد إجراء تغييرات من عدمه، وأن الموقف النهائى سيتم إعلانه بعد دراسة الأمر جيدًا. من جهه اخرى أكد المهندس سعد الحسينى عضو مكتب إرشاد جماعة الإخوان المسلمين، علي إننا سنتعامل مع برنامج حزب الإخوان بناءً على المتغيرات والأحداث لأن الحياة قد تغيرت كثيراً ولابد أن يعترف الجميع بذلك، فما كان قبل 25 يناير معاكس تماماً لما بعدها، مشيرا إلي أن الاخوان سوف تقدم برنامجاً طموحاً يعمل على تقدم البلاد ونهضتها حيث يشمل كل المجالات ومتاح لكل الأشخاص الانتماء إليه بمن فيهم الأقباط. وفي نفس الصدد، قال د. محمد سعد الكتاتنى عضو مكتب الإرشاد، إن اختيار رئيس الحزب سيتم بالانتخاب عن طريق الجمعية العمومية للحزب عندما تشكل، ومهمتى الآن أن أقوم بالإجراءات القانونية والإدارية لإشهار الحزب.