فيما وصف بأنه انتصار لتيار الإصلاحيين على تيار المحافظين داخل جماعة الإخوان المسلمين، أكد قيادى إخوانى حذف الجماعة للمادتين المثيرتين للجدل من المسودة النهائية لبرنامج حزبها السياسى، واللتين عرضا الجماعة لنقد وهجوم حادين أثناء نشر البرنامج قبل حوالى عام، المادة الأولى الخاصة بتشكيل هيئة لكبار العلماء تبدى الرأى فى التشريعات، والثانية التى قضت بعدم ترشح المرأة والأقباط لمنصب رئيس الجمهورية. ورجح القيادى الاخوانى فضل عدم ذكر اسمه أن النسخة النهائية من البرنامج سوف تخلو من هاتين المادتين ،مشيرا إلى أن الأمور سوف تترك مفتوحة دون تحديد أو تقييد فيما يخص شروط الترشح لمنصب رئيس الجمهورية باستثناء الشروط القانونية والدستورية المتعارف عليها، مما يعنى أن البرنامج سيتيح للمرأة والقبطى الترشح فى انتخابات الرئاسة. وأضاف: «إن المادة الخاصة بانشاء «هيئة لكبار العلماء» تقوم بإبداء الرأى ومراجعة التشريعات والقوانين سوف تنقل من الجزء الخاص بالتشريع فى البرنامج إلى الجزء الخاص بالأزهر الشريف، وسوف يقتصر دورها على انتخاب شيخ الأزهر والاهتمام بشئونه فقط». وقال د.عصام العريان مسئول الملف السياسى بالجماعة ل«الشروق»: هناك اتفاق على أن تنقل المادة المتعلقة بهيئة كبار العلماء إلى الجزء الخاص بالأزهر دون أن يكون لها دور قانونى أو دستورى. إلا أنه أشار إلى أن الحوار لا يزال قائما داخل الجماعة حول الكثير من القضايا داخل البرنامج، ومنها ترشح المرأة والأقباط لمنصة رئيس الجمهورية. وكانت هاتان المادتان قد أثارتا عاصفة من الهجوم على الجماعة من مفكرين وسياسين كما تصاعد الجدل بين ما يوصف بالتيار الاصلاحى، والتيار المحافظ داخل الجماعة، واعتبر رموز التيار الاول أن إقحام هاتين المادتين على النسخة الأولية للبرنامج أجهضت محاولاتهم فى انفتاح الجماعة على التيارات السياسية والفكرية الأخرى، فيما رأى التيار المحافظ أن حذف أو تعديل تلك المواد هو تعد على ثوابت الإخوان.