وضعت لجنة الخمسين أثناء مناقشتها باب صلاحيات رئيس الجمهورية أقدامها على أول الطريق الذى يحقق أهداف ثورتى 25 يناير و30 يونية، والتى طالبت بتقليص صلاحيات رئيس الجمهورية، ووضع نصوص تضمن عدم التغول فى السلطة والوصول الى صناعة «فرعون» جديد يقهر هذا الشعب الذى دفع من دماء أبنائه الكثير للوصول الى حكم يتمتع بإعطاء مزيد من الحريات والحقوق للمواطن بالتوازى مع التى تعطى للرئيس والحكومة.. وعملاً بمبدأ أن «الشعب هو مصدر السلطات». وأقرت لجنة نظام الحكم المنبثقة من لجنة الخمسين عدة مواد لم يصوت عليها نهائيا من قبل أعضاء لجنة الخمسين حتى الآن تنم عن تغير جذرى فى صلاحيات الرئيس، ومنها المادة 115 التى نصت على «يُنتخب رئيس الجمهورية لمدة أربع سنوات ميلادية، تبدأ من اليوم التالى لانتهاء مدة سلفه، ولا يجوز إعادة انتخابه إلا لمرة واحدة» ورسخت اللجنة لان يكون حكم الرئيس 4 سنوات ولا يمكن أن يجدد له إلى مدة واحدة حتى ولو كان بالانتخاب. كما وضعت اللجنة فى مادة أخرى قيوداً على من يترشح لرئاسة الجمهورية وهى المادة 116 ونصت على «يشترط فيمن يترشح رئيسًا للجمهورية أن يكون مصريًا من أبوين مصريين، وألا يكون قد حمل، أو أى من والديه أو زوجته جنسية دولة أخرى، وأن يكون متمتعًا بحقوقه المدنية والسياسية، وأن يكون قد أدى الخدمة العسكرية أو أعفى منها قانوناً، وألا تقل سنه يوم فتح باب الترشح عن أربعين سنة ميلادية، ويحدد القانون شروط الترشح الأخرى». واستكملت اللجنة المشوار بوضع المادة 125 والتى تنص على «يضع رئيس الجمهورية بالاشتراك مع مجلس الوزراء السياسة العامة للدولة ويشرفان على تنفيذها ولرئيس الجمهورية أن يلقى بيانين حول السياسة العامة للدولة أمام مجلس الشعب عند افتتاح دورة انعقاده العادى السنوى, ويجوز له إلقاء البيانات أو توجيه رسائل أخرى إلى المجلس». وقررت اللجنة تعديل هذا النص حتى لا ينفرد رئيس الجمهورية بوضع السياسات، على أن يكون للجهاز التنفيذى والحكومى دور فى رسم السياسات العامة للدولة. كما حسمت اللجنة طريقة تشكيل الحكومة وأصبحت أن «الرئيس يكلف حزب الأكثرية باختيار رئيس للحكومة على أن يحصلوا على أغلبية 51% من أعضاء البرلمان وفى حال فشله فى الحصول على تلك النسبة يقوم البرلمان باختيار رئيس للحكومة ويطرحه على البرلمان للحصول على نسبة 51% وفى حال فشلة يطرح الرئيس اسم وإذا لم يحصل على نسبة 51% يصبح البرلمان محلولاً. وعدلت اللجنة المادة 127 وجعلت النص «رئيس الجمهورية هو القائد الأعلى للقوات المسلحة، ولا يعلن الحرب، ولا يكلف القوات المسلحة بمهمة قتالية خارج حدود الدولة، إلا بعد أخذ رأى مجلس الدفاع الوطنى، وموافقة مجلس الشعب بأغلبية ثلثى الأعضاء»، وهنا جعلت المادة صلاحية رئيس الجمهورية بإرسال الجيش إلى أى مهمة قتالية او الحرب مقيدة بموافقة ثلثى أعضاء مجلس الشعب وليس بالأغلبية كما كانت فى دستور الإخوان المعطل. واشترطت اللجنة فى الصياغة النهائية للمادة 134 والتى نصت على «يكون اتهام رئيس الجمهورية بالخيانة العظمى، أو أية جناية أخرى بناء على طلب موقع من أغلبية أعضاء مجلس الشعب على الأقل، ولا يصدر قرار الاتهام إلا بأغلبية الثلثين من أعضاء المجلس، وبعد تحقيق يجريه معه النائب العام». وبمجرد صدور هذا القرار يوقف رئيس الجمهورية عن عمله، ويعتبر ذلك مانعًا مؤقتًا يحول دون مباشرته لاختصاصاته حتى صدور حكم فى الدعوى. ويحاكم رئيس الجمهورية أمام محكمة خاصة يرأسها رئيس مجلس القضاء الأعلى، وعضوية أقدم نائب لرئيس المحكمة الدستورية العليا، وأقدم نائب لرئيس مجلس الدولة، وأقدم رئيسين بمحاكم الاستئناف، ويتولى الادعاء أمامها النائب العام، وإذا قام بأحدهم مانع حل محله من يليه فى الأقدمية، وأحكام المحكمة نهائية غير قابلة للطعن. وينظم القانون إجراءات التحقيق، والمحاكمة، وإذا حكم بإدانة رئيس الجمهورية أعفى من منصبه، مع عدم الإخلال بالعقوبات الأخرى» ان يتم الاتهام بموافقة أغلبية أعضاء مجلس الشعب وليس من ثلث الاعضاء كما كان فى دستور 2012 المعطل.
