حاصر البلطجية العديد من المساجد في الاشتباكات التي يفتعلونها مع أفراد جماعة الإخوان المسلمين سواء في المحلة أو في القاهرة. ففي المحلة الكبرى تم اقتحام مسجد قادوس الكبير بعد محاصرة المتواجدين فيه من شباب الإخوان قرابة الساعة وتكسير أبوابه وإلقاء الحجارة بداخله، مما نتج عنه إصابات متفرقة للمتواجدين بداخله كما قاموا بإشعال إطارات السيارات على أسواره. وتم اقتحام المسجد قادوس الكبير أثناء أداء صلاة المغرب .. مما اضطر الإمام للتسليم والخروج من الصلاة وإغلاق باب المصلى الداخلي وسط صراخ المصليات. وفي القاهرة جرت محاصرة أعضاء جماعة الإخوان المسلمين بمسجد مستورة بالمقطم وعدد من المساجد الأخرى ، الذي احتمى بها أفراد الإخوان المسلمين بعيدا عن البلطجية، لتجنب أي عراك أو اشتباكات قد يحدث . فيما صرح شباب الإخوان ، أن تواجدهم بعيدا عن المتظاهرين ، لكي لا يحملهم الإعلام أنهم سبب الاشتباكات ، مشيرين إلى أنه في حالة محاولة اقتحام مكتب الإرشاد سيتحركون لحمايته ولن يقفوا مكتوفي الأيدي. كما جرى محاصرة مسجد الحمد في المقطم والذي يتواجد فيه عدد من أعضاء جماعة الإخوان المسلمين مصابين برصاص حي من قبل البلطجية ضد جماعة الإخوان.