ذكر موقع "مصر العربية" في تقرير أخير له أنه قد حصل على تقرير صادر من الجهاز المركزي للمحاسبات يكشف إهدار أكثر من 4 ملايين من الجنيهات، بسبب وجود العديد من المخالفات المالية، والتلاعب في السجلات المالية، واستغلال إدارة المستشفى للعلاج المخصص لمرضى "فيروس سى" للتربح منه. و كشف التقرير صرف مبالغ مخصصة لوحدة الإنترفيرون بلغت 21 ألف جنيه دون ضوابط وعدم إخطار الهيئة العامة للخدمات الحكومية ببيان الاتفاقات المباشرة التي تم إجراؤها، والبالغة قيمتها 203 آلاف جنيه بالمخالفة لأحكام القانون 89 لسنة 1998 بشأن المناقصات والمزايدات. وأوضح التقرير إغفال خصم نسبة الضريبة على المبيعات المستحقة على بعض الموردين، الأمر الذي ترتب عليه حرمان مصلحة الضرائب على المبيعات جانبا من إيراداتها بلغ 58 ألف جنيه، بالإضافة إلى تضخم مديونية المستشفى التي بلغت قيمتها مليوني جنيه. وأشار إلى التلاعب في إجراءات شراء بعض الأصناف بالأمر المباشر لصالح "شركة السلام للتوريدات بأرض سلطان"، وقد ثبت أن الشركة لا تمتلك ملفا ضوئيا من الأساس، رغم أنها قدمت في الأوراق ملفا ضريبيا ثبت تزويره، وثبت أنه يخص شخص يدعى مكسيموس ومجال نشاطه التجاري غسل وكي ملابس. كما جاء بالتقرير صرف مبلغ 6765 لبعض الأطباء المتعاقدين مع إدارة المستشفى بالرغم من عدم حضورهم، بسبب تواجدهم بمقر عملهم الأصلي في التوقيت نفسه.