وطبقا لخطابا موجها من مجلس الوزراء إلى وزارة التعليم العالي، يحذرها فيه من تعامل الجامعات مع الجهات الأجنبية في أي مشروعات إلا بعد أخذ رأي الجهات الأمنية، وبدورها أرسلت التعليم العالي خطابا بنفس المعني للجامعات. وجاء في الخطاب الموقع من الدكتور محمد صفوت عبد الدايم، أمين عام مجلس الوزراء الموجه إلى الدكتور مصطفي مسعد، وزير التعليم العالي: «رجاء التفضل بالإحاطة أن رئيس مجلس الوزراء، وجه بالتنبيه على كافة الجهات الحكومية بما في ذلك الجامعات بعدم الدخول مع جهات أجنبية في مشروعات بحوث أو دراسات أو استطلاع رأي أو جمع معلومات إلا بعد أخذ رأي الجهات الأمنية للوقوف على حقيقة تلك الجهات وأبعاد التعاون معها». ووصفت الدكتورة نورهان الشيخ، أستاذ العلوم السياسية، الإجراء بأنه ردة للخلف، وتدخلا سافرا ضد استقلال الجامعات، ويعد خطوة ضمن سياسة تكميم الأفواه، خاصة أن المراكز البحثية في الجامعات هي منارة الفكر والرأي، مشيرة إلى أن نظام مبارك لم يجرؤ في ظل وجود أمن الدولة على إرسال خطاب بهذه الفجاجة. إن الخطاب يتضمن حالة من الغموض حيث لم يذكر ما هي الجهة الأمنية، المفترض اخذ رأيها، ما اعتبرته بهدف تعطيل العمل ووقف نشاط المراكز البحثية وتكميم الأفواه، خاصة أن الجامعة هي الوحيدة صاحبة الحق في ذلك وليس أي جهة أخرى. أن جميع الجهات الأجنبية الموجودة في مصر، تعمل منذ عشرات السنوات، وحاصلة علي تراخيص العمل والموافقات الأمنية، مؤكدة أنها إذا كانت مشبوهة، لن يسمح لها بالتعامل في مصر. من جانبه، قال الدكتور محمد كمال، المتحدث الرسمي باسم «مؤتمر 31 مارس» لأساتذة الجامعات، إن ما حدث يثبت ما نؤكد عليه أن الثورة لم تصل إلى الجامعات، كما أن فرض سيطرة أمن الدولة على الجامعة هو تكرار لنظام مبارك فقط، مشددا على أن الأساتذة ترفض هذه الوصاية، التي تعد انتهاك صارخ لاستقلال الجامعات.