دخلت العلاقة المصرية مع حكومة جنوب السودان بزعامة سيلفا كير منعطفا خطير إثر إصدار حكومة الجنوبيين قرارا بترحيل العاملين المصريين الموجودين في مدن جنوب السودان خصوصا جوبا وملكال مغادرة المناطق الجنوبية والعودة إلى الخرطوم للحفاظ على سلامتهم حيث أن حكومة الجنوب لا تضمن ردود الفعل الانتقامية منهم اعتراضا على مقتل أكثر من 40 سودانيا جنوبيا على يد الشرطة المصرية التي تدخلت بشكل دموي لفض اعتصامهم أمام مقر المفوضية الدولية لشئون اللاجئين. أوضحت مصادر أن القاهرة أبدت استياءها الشديد من عزم حكومة جنوب السودان تصعيد الأمر وطلب تحقيق دولي في الأحداث الخاصة باللاجئين والطريقة القاسية التي تعاملت بها السلطات المصرية مع مشاكل اللاجئين وهو ما يعد فتحا لملف ساخن سيؤثر بالقطع على العلاقات بين مصر والجنوبيين. وقد رفضت القاهرة جميع الحجج التي ساقتها حكومة الجنوبيين والدكتور مصطفى عثمان إسماعيل مستشار الرئيس السوداني عمر البشير الخاصة بأن جميع الإجراءات الخاصة بالمصريين المقيمين في الجنوب ما هي إلا خطوات مؤقتة لكبح جماح غضب الجنوبيين على مقتل هذا العدد الكبير من اللاجئين معتبره أن هذه الخطوة تعد تحريضا من حكومة الجنوبيين ضد المواطنين والمصالح المصرية. وقد كشفت المصادر النقاب عن أن القاهرة ستعد حاليا لاستقبال مسئولين سودانيين شماليين وجنوبيين للتباحث حول تطويق هذه الأزمة ومحاولة إقناع عدد كبير من اللاجئين السودانيين المقيمين في القاهرة للعودة الطوعية إلى مناطقهم.