في تحول دراماتيكي للأحداث، نشبت أزمة في العلاقات المصرية السودانية تكاد أثارها أن تعصف باتفاقات السلام الهشة المبرمة بين الشماليين والجنوبيين حيث اختلف النائب الأول للرئيس السوداني ورئيس الحركة الشعبية لتحرير السودان مع الرئيس السودانى عمر حسن احمد البشير حول معالجة قضية مقتل عدد من اللاجئين السودانيين أثناء تدخل قوات الأمن لفض اعتصامهم أمام مقر مفوضية اللاجئين التابعة للأمم المتحدة في القاهرة . واتهم الوزراء والقادة الجنوبيون الرئيس البشير بمجاملة نظيره المصري علي حساب أرواح السودانيين وضد مشاعر أبناء السودان من الشمال إلي الجنوب حيال المذبحة . وأعلنت الحكومة السودانية في بيان رسمي أمس أنها سترسل الأيام القليلة القادمة وفدا إلى مصر للمطالبة بتحقيق في مقتل لاجئين وطالبي لجوء سودانيين على أيدي رجال الأمن المصري قبل نحو شهر ومطالبة السلطات المصرية بالاعتذار وتقديم تعويضات للضحايا . ومن جهتها، أكدت وكالة الأنباء السودانية أن الوفد سيحمل رسالة من النائب الأول للرئيس السوداني سيلفا كير إلى الرئيس المصري حسني مبارك تتضمن مطالب بالتحقيق في الحادث، والحاجة إلى محاكمة ومعاقبة من تثبت مسئوليته في مقتل اللاجئين سواء من قوات الأمن أو من المفوضية الأممية للاجئين، وهو ما يشير بوضوح للخلافات بين أركان القيادة السودانية حول معالجة القضية . وقالت مصادر سودانية بالقاهرة إن عدم استجابة المصريين لمطالب الوفد سيجعل السودان يلجأ إلي مجلس الأمن للمطالبة بتشكيل لجنة تحقيق دولية وكانت تصريحات الرئيس السوداني التي أعقبت الحادث والتي أعرب خلالها عن تفهمه للموقف المصري لاقت انتقادات واسعة بين السودانيين، وهو ما أحرج بشدة شركائه الجنوبيين في الحكم.