رفض مفكرون ومثقفون أقباط، تخصيص "كوتة" للأقباط في البرلمان القادم، ردًا على مطالبة ناشطين أقباط ب "كوتة" لهم في الدستور الجديد، مؤكدين أن الأقباط جزء أصيل من المجتمع المصري لا يمكن تمييزه بنظام "الكوتة". جاء ذلك بعد أن صوتت لجنة الخمسين بالرفض على اقتراح بتخصيص "كوتة" للفئات المهمشة في الدستور كالمرأة والأقباط والشباب والعمال. وقال كمال زاخر، مؤسس جبهة العلمانيين الأقباط: "نحن لانحتاج كوتة فنحن مصريين من نسيج الوطن ولا نسمح بأي تمييز عنصري حتى ولوكان لصالحنا خاصة أن مصر هذه الأيام مشحونة بالاحتقان والتذمر التي أنتجتها الأحداث طوال الفترة السابقة وتوتر العلاقات في الفترات السابقة والتي زاد منها جماعة الإخوان". وأضاف: "من يطالب بكوتة للأقباط لا يمثل إلا نفسه فقط فنحن ضد التمييز على أساس ديني، ويجب أن يشارك الأقباط في الحياة السياسية بشكل جاد وحقيقي عن طريق العمل السياسي في الشارع". وتابع "يجب أن تقوم الأحزاب المدنية بعمل اتفاق حقيقي لضمان تمثيل الأقباط حيث يجب أن تجري الانتخابات بنظام القائمة وتضع الأحزاب نسبة محددة للأقباط في مقدمات القوائم الانتخابية لكي نضمن وجود تمثيل حقيقي". من جانبه، اعتبر الكاتب والمفكر جمال أسعد، أن "مشكلة التمثيل القبطي في البرلمان يعاني منها المسيحيون في مصر بلا شك، لكن نحن نرفض مبدأ التمييز ولاسيما الطائفي، لأنه ترجمة للدولة الدينية التي لا نسعى إليها, لأنه كوضع الزيت على النار, سيعمق الفجوة في المجتمع كما هو الحال في لبنان والتي عانت ويلات الحرب الأهلية علي الأساس الطائفي". واعتبر أنه "ليس من مصلحة أحد أن نحقق مكاسب سريعة لكنها ستحدث تمزيقا في نسيج المجتمع, خاصة وأن تلك المادة قوبلت بهجوم شديد من قبل الحقوقيين والإسلاميين, فلماذا نتجه للشقاق مع أن المشكلة في الأساس يجب أن تحل حلا سياسيا و مجتمعيا لا بالإجبار". وأضاف "يجب أن يكون اتجاه الدولة والمجتمع اختيار الكفاءات, هذا سيجل هناك جوا تنافسيا بين المرشحين وحينها سيختار الشعب الأفضل ولكن النائب المعيين أو الذي حصل على مقعده بكوتة معينة لن يكون كالمنتخب, لأنه اجتهد لكي يمثل أبناء دائرته". وأكد أسعد أن "الاستجابة لمطالب ب "كوتة" للأقباط في البرلمان من شأنه أن يفتح الباب لمطالبات بتعيين وزراء ومحافظين أقباط وأيضًا في والمحليات أيضا فستطال الكوتة كل شيء وفئات المجتمع المختلفة ستطالب بكوتة أيضا". لكنه رأى أن "هذا لا يمثل روح الديمقراطية فتلك الديمقراطية التي يتشدق بها البعض ولكن لا نستطيع تنفيذها علي ارض الواقع, فكيف نتحدث عن المواطنة ثم ندعو لكوتة للأقباط, تلك الدعوات حتى و إن أقرتها الكنيسة و لجنة الخمسين, لن تحدث الأثر المرجو بل على العكس ستؤدي إلى نتائج عكسية وهذا ما لا نريده بالتأكيد". وقال القمص صليب متى، الأمين العام لمركز السلام الدولي "نحن لانريد التمييز على أساس ديني فنحن جزء من نسيج هذا الوطن وشركاء الإخوة المسلمين في بناء هذا البلد، فنحن نرفض تخصيص كوتة للأقباط". واستدرك "لكن لانريد أن نشعر بأننا غير مرغوبين في بلدنا ولايتم استبعادنا من أي مناصب فنحن لانقل عن باقي المصريين فلذلك يجب إن تكون هناك آلية قانونية لضمان أن يكون هناك تمثيل حقيقي للأقباط". ورأى أن "نظام الكوتة كان من الممكن أن يستخدم قبل ذلك في العهود السابقة وذلك لخلق حالة من التوازن في مجلس الشعب لأنه قبل ذلك كان هناك صعوبة في فوز المرشحين من المرأة والأقباط في الانتخابات السابقة ولكن الأمر قد اختلف بعد 25 يناير و30 يونيو وتقديم الأقباط وكنائسهم وأرواحهم فداء للوطن".