خلص تقرير لجنة تحقيق عسكرية خاصة بالنظر في أحداث "أسطول الحرية،" ومقتل ناشطين أتراك كانوا على متن إحدى سفنه بعد تدخل عسكري إسرائيلي لوقف تقدمهم نحو سواحل غزة، إلى القول بأن القوات الإسرائيلية الخاصة "تصرفت باحتراف وشجاعة واتخذت القرارات المناسبة." وأشارت اللجنة التي يرأسها العميد الإسرائيلي المتقاعد، غيورا إيلاند، إلى أن المشكلة الوحيدة كانت في نقص المعلومات الاستخبارية التي لم تقدم صورة وافية عن حجم المقاومة المنتظرة من قبل الناشطين، كما رأت أنه بالنظر للأجواء المحيطة بالأحداث، فإن الضرر اللاحق بصورة إسرائيل "ليس بالسوء الذي يتصوره البعض." وشدد التقرير على أن استخدام القوات الإسرائيلية للرصاص الحي خلال هجومها على السفن "كان مبرراً،" خاصة وأن مستويات العنف التي تعرض لها الجنود من قبل الناشطين "كانت تفوق التوقعات." واستند التقرير إلى ما جاء في بيانات الجيش الإسرائيلي حول قيام الناشطين الأتراك على متن السفينة "مرمرة" بمهاجمة جنود الجيش الإسرائيلي الذين كانوا يحاولون القيام بعملية إنزال جوي، مستخدمين العصي والقضبان الحديدية والخناجر، رغم أن الناشطين نفوا ذلك في وقت لاحق. ولكن اللجنة انتقدت ما وصفته ب"خطأ المستويات القيادية بعدم توفير خيارات أخرى" للسيطرة على السفن، لتجنب الخيار العسكري، مشيرة إلى أن تل أبيب كان بوسعها الخروج بخيارات من هذا النوع لو أنها بدأت بالتخطيط لمواجهة السفن في وقت مبكر. روابط ذات علاقة وقال تقرير لجنة إيلاند إن التحقيق الذي استمر خمسة أسابيع "كان شاملا وشفافا ويشكل أساسا لاستخلاص العبر والدروس علما بان إسرائيل تواجه سفنا أخرى قد تحاول خرق الطوق البحري المفروض على قطاع غزة." وسارع رئيس أركان الجيش الإسرائيلي، الجنرال غابي أشكنازي، إلى إعلان تبنيه التوصيات الرئيسية الواردة في تقرير لجنة التحقيق العسكرية، وأوعز إلى الجهات العسكرية المختصة "بمتابعة تنفيذ العبر المستخلصة من هذا التقرير." يذكر أن اللجنة التي يرأسها إيلاند تتبع المؤسسة العسكرية الإسرائيلي، وهي بالتالي منفصلة عن اللجنة الثانية التي يقودها القاضي المتقاعد، يعقوب تيركل، والتي تضم أيضاَ شخصيات دولية. وسيكون للتقرير الإسرائيلي بالتأكيد تداعيات على العلاقات المتدهورة أصلاً بين إسرائيل وتركيا، إذ تصر أنقرة على اعتذار إسرائيل عن مقتل الناشطين التسعة خلال الهجوم الذي وقع في 31 مايو/أيار الماضي، تحت طائلة قطع العلاقات معها. على أن رئيس الوزراء الإسرائيلي، بنيامين نتنياهو، كان قد جدد التأكيد على أن إسرائيل لن تعتذر عن الهجوم الذي شنته القوات الإسرائيلية على أسطول الحرية داخل المياه الدولية. وأوضح نتنياهو أنه "لا يمكن لإسرائيل أن تعتذر على حادث اضطرَّ جنودها إلى الدفاع عن أنفسهم بوجه حشد من الناس هموا بذبحهم." غير أنه أعرب نتنياهو عن أسفه لسقوط قتلى خلال عملية الاستيلاء على قافلة السفن.
