حذرت "الجماعة الإسلامية" من خطورة مشروع تنمية إقليم قناة السويس وفق النصوص المطروحة حاليًا للمشروع، قائلة إنه يفتح الأبواب على مصراعيه أمام تفتيت مصر وتحويل إقليم القناة إلى دولة داخل الدولة، فضلا عن إثارة نزعات انفصالية في مناطق أخرى مثل الصعيد والنوبة قد تستند لما يحدث في القناة للمطالبة بحقوق مماثلة. وقال عبود الزمر، عضو مجلس شورى الجماعة الإسلامية ل "المصريون"، إن "منطقة قناة السويس مستهدفة وهناك مساع من قوى إقليمية ودولية للحصول على امتيازات بها، فضلا عن وجود تصورات لتحويل عدة بقاع في سيناء إلى منطقة محايدة تستوعب الفلسطينيين المهجّرين". واعتبر أن النص المطروح حاليًا للقانون يخالف المادة الأولى من الدستور الخاصة بوحدة الوطن وسلامة أراضيه بشكل يستوجب إعادة النظر في النص الحالي أو نفي وجوده بشكل رسمي وهو ما لم تقدم عليه مؤسسة الرئاسة أو حكومة هشام قنديل. وحذر من أن ما يتردد عن تحويل إقليم قناة السويسلإقليم مستقل أو خاضع لمؤسسة الرئاسة "يشكل خطرًا كبيرًا على وحدة مصر وسلامة ترابها الوطني، مشددًا على ضرورة خضوع المشروع بكل مشتملاته للسيادة الكاملة للدولة المصرية وليس لأي من مؤسساتها وأن تدرج جميع الأموال والاستثمارات الخاصة بها للموازنة العامة، وإلغاء أي تملك للأراضي في هذه المناطق لقطع الطريق على أي مخاطر تهدد وحدة الوطن". وقال إن عدم وجود ضوابط واضحة للاستثمار في إقليمالسويس تنظم حق الدولة وتحفظ سيادته "يفتح الباب أمام تدخلات خارجية تستخدم الأوضاع في مناطق مصرية مثل النوبة والصعيد وأطراف نائية لتهديد وحدة البلاد بذريعة التهميش". وشدد الزمر على أهمية وجود إجماع وطني على هذا المشروع باعتباره مشروعًا قوميًا يهم جميع المصريين بل ويتعلق بحقوق الأجيال القادمة، منبهًا إلى تأييده التام للاستثمار في إقليم القناة وإنهاء عقود التهميش ولكن في إطار القانون والسيادة المصرية.