نشبت خلافات شديدة بين قيادات جماعة الإخوان المسلمين وحزب الحرية والعدالة، حول استبعاد المستشار ماهر بيبرس محافظ بني سويف من منصبه في حركة المحافظين المزمع إعلانها خلال أيام، فقاد الشيخ محمد عبد الله سياف، مسئول المكتب الإداري بالمحافظة، وعضو مجلس شورى الجماعة، حملة لإقالة بيبرس، وتعيين كادر إخواني غيره وطالب أعضاء في هيئة مكتب حزب الحرية والعدالة باستمراره تجنبًا لاستعداء تيارات إسلامية مهمة وأخرى مدنية ترفض مطلقًا تعيين إخواني محافظًا لبني سويف. واتهم سياف المحافظ، بإطلاق تصريحات بأن بني سويف خارج الأخونة، وكأنها تهمة يتبرأ منها على حد تعبيره، مؤكدًا أن المحافظ لم ينفِ هذه التصريحات الإعلامية التي أطلقها عبر المواقع الإلكترونية لذا فإننا نؤكد أن الإخوان المسلمين وهم جزء أصيل من نسيج هذا المجتمع ومكون رئيس من مكوناته فإن الانتماء لجماعتهم لم يكن أبدًا بتهمة لنبادر بالتبرؤ منها أو جريمة لننفيها عن أنفسنا. وأشار سياف إلى أن الإخوان مدوا أيديهم إلى المحافظ في كثير من المناسبات والأزمات مقدرين ثقل المسئولية وضخامة التركة التي تحملها على عاتقه من موروثات النظام السابق، مستشعرين المسئولية الملقاة على عاتقهم للنهوض بهذا الوطن دون أن يطهر الجهاز التنفيذي من أذناب النظام السابق. ورشح المكتب عدة أسماء لتولى منصب المحافظ منهم الدكتور نهاد القاسم أمين حزب الحرية والعدالة وعبد العظيم الشرقاوي عضو مكتب إرشاد الجماعة والمقرب من المرشد محمد بديع. بينما طالب أعضاء في هيئة مكتب حزب الحرية والعدالة بعدم إقالة بيبرس لنجاحه في ملف الاستثمار مؤكدين أن الرئيس مرسى أشاد بجهود بيبرس في جذب استثمارات تقدر ب24 مليار جنيه في غضون عامين وفرت 54 ألف فرصة وأشاروا إلى أنهم لا يرغبون في الدخول في مواجهة مباشرة مع حزبي النور والبناء والتنمية وباقي التيارات المدنية والأحزاب الليبرالية التي ترفض تعيين محافظ إخواني وهددت بالتظاهر عليه ومنعه من دخول مبنى المحافظة ما قد يثير قلاقل أمنية وشعبية. وأكد مصدر إخواني أن الدكتور محمد البلتاجي القيادي الشهير في حزب الحرية والعدالة على رأس المرشحين لتولى منصب محافظ بني سويف.