كشف تقرير صادر عن الجهاز المركزي للمحاسبات تمت مناقشته بمجلس الشعب مؤخراً عن العديد من عمليات الاختلاس والتزوير بوزارة الأوقاف خلال الفترة من عام 2001 حتى عام 2002 . وأشار التقرير إلى عدم تحصيل حصة الصندوق المقررة بواقع 10% من حصيلة إيرادات حساب الخدمات والتنمية المحلية بمحافظة بورسعيد على سبيل المثال بالمخالفة لأحكام القانون الذي ينص على إنشاء صندوق عمارة المساجد الأهلية والأضرحة الأمر الذي ترتب عليه حرمان الصندوق من إيرادات بلغت 1814651 جنيهاً. كما كشف تقرير الجهاز عن غياب مراقبة المخازن وعدم الالتزام بأحكام لائحة المخازن حيث بلغت قيمة ما أمكن حصره من مخالفات نحو 127114 جنيهاً. كما أكد التقرير صرف مبالغ كبير دون وجه حق إلى مقاولي عمليات إحلال وتجديد دورات المياه ببعض المساجد والمحاسبة على أعمال ثبت من المعاينة عدم تنفيذها وتنفيذ بعض الأعمال بالمخالفة للمواصفات وشروط التعاقد بالإضافة إلى استيلاء أحد المقاولين على جانب من الأنقاض الناتجة عن هدم دورات المياه وعدم اتخاذ الإجراءات المخزنية اللازمة بشأن باقي الأنقاض المتواجدة بموقع العمل مما يعرضها للسرقة . كما أسفر فحص الجهاز المركزي المحاسبات عن تحميل مصروفات موازنة الدولة بمبالغ دون مبرر وذلك في مستشفى الدعاة بلغت وحدها 7491 جنيها. وفي مديرية أوقاف بورسعيد تبين عدم الاستفادة من العيادات ودور المناسبات المنشأة ببعض المساجد بتكاليف بلغت 871746 جنيهاً يرجع إنشاء واستلام بعضها إلى عام 1995 وذلك بسبب عدم تدبير الاحتياجات اللازمة لتشغيلها واستخدامها في الأغراض المنشأة من أجلها.