اشتعلت الخلافات بين أعضاء مجمع البحوث الإسلامية بالأزهر الشريف بعد رفض عدد كبير من أعضاء المجمع للضغوط التي مارسها الدكتور محمد سيد طنطاوي شيخ الأزهر على أعضاء المجمع لإصدار وثيقة مبايعة وتأييد للرئيس مبارك لتولي الحكم لفترة خامسة . وكشف مصدر في المجمع ل"المصريون" أن أعضاء المجمع رفضوا إصدار مثل هذه الوثيقة رغم الضغوط المكثفة لطنطاوي ، مشددين على أهمية أن ينأى المجمع والأزهر الشريف عن التورط في القضايا السياسية خصوصاً الدعاية الانتخابية في ظل سخونة الأحداث السياسية والمظاهرات المناوئة لإعادة انتخاب رئيس الجمهورية , وأوضح المصدر أن أعضاء المجمع أكدوا على رفضهم أن تكون المؤسسات الدينية وعلي رأسها الأزهر الشريف أداة لتجميل وجه النظام السياسي في مصر ، معتبرين أن الأزهر لا ناقة له ولا جمل في الدعاية لنظام مبارك ومن الأفضل ألا يتورط في القضايا السياسية لأنه مؤسسة دينية . مصادر "المصريون " في الأزهر أكدت على أن حماسة الشيخ طنطاوي لهذا الموضوع فاقت كل تصور ، ومن الواضح أن هناك من أوحى إليه بأن مستقبله الديني على رأس مشيخة الأزهر أصبح مرهونا بقدرته على حشد التأييد من قبل المراجع الدينية والمؤسسات التي يرعاها لإعادة انتخاب الرئيس مبارك . وكانت تقارير صحفية نشرت مؤخرا قد كشفت عن تفاصيل اجتماع عقده الدكتور أسامة الباز المستشار السياسي للرئيس مبارك مع شيخ الأزهر الدكتور محمد سيد طنطاوي ، لبحث كيفية مشاركة أئمة المساجد وعلماء الأزهر في الدعاية للرئيس مبارك في الانتخابات الرئاسية القادمة ، حيث يريد النظام الاستفادة من المساجد التابعة لوزارة الأوقاف ، والتي تصل طبقا لآخر التقديرات الرسمية إلى 5 آلاف مسجد. وكان الدكتور محمد سيد طنطاوي شيخ الأزهر والدكتور على جمعة مفتي الديار قد تعرضا لهجوم عنيف على خلفية فتاوى سياسية نسبت إليهما تكرر نسبتها إليهما مؤخرا أثارت اللغط وسببت اضطرابا في موقف مؤسسات المجتمع من المؤسسة الدينية العريقة ، مثل تأثيم موقف المعارضة الذي طالب بمقاطعة الاستفتاء على تعديل المادة 76 من الدستور ، كما جرم طنطاوي المظاهرات التي تنظمها الحركات المطالبة بالإصلاح ، بل أنه ذهب إلى حد أنه يجوز لقوات الأمن الاعتداء على علماء الدين إذا ما شاركوا في المظاهرات .