كشف تقرير الجهاز المركزي للمحاسبات إتلاف كتب تقدر قيمتها ب 3 ملايين في المجلس ومخازن الوزارة التي تركتها فريسة للفئران والحشرات ، وهو ما يكذب كل دعوة للدكتور محمود حمدي زقزوق وزير الأوقاف تدعو إلي تطوير وتحديث الخطاب الديني . تهدر وزارة الأوقاف ألاف الجنيهات في مكتبات المساجد الكبرى مثل مكتبة جامع الفتح برمسيس ومسجد النور بالعباسية ومسجد السيدة زينب والسيدة نفيسة وجامع الحسين . كما أن هناك مكتبة نموذجية تكلفت ما يقرب من نصف مليون جنية في مسجد السيدة زينب وبالرغم من ذلك فهي مغلقة . المكتبات أنشأتها الوزارة منذ 25 سنة كاملة وكان الهدف منها هو إطلاع المصليين والأئمة إلا أن هذه المكتبات مغلقة ولا تفتح أمام رواد المساجد مما حولها إلي خرابات ترتع فيها الفئران والحشرات ومكدسة بالأتربة ، ورغم أنه من المفترض أن الوزارة عينت أمناء لهذه المكتبات يتقاضى الأمين 250 جنيه شهرياً ولكنه لا يحضر إلى المسجد ويتم التوقيع لهم في دفاتر الحضور والانصراف . من ناحية أخري يفرض المجلس الأعلى للشئون الإسلامية بالوزارة شروط تعجيزية للأئمة الراغبين في شراء الكتب من مكتبة المجلس ، حيث يجبر الإمام الذي يرغب في شراء الكتب بالتقسيط بجمع توقيعات لعشرة أئمة في استمارة واحدة حتى يتم صرف الكتب له .