قرر المهندس مختار الحملاوى، محافظ البحيرة، وقف أعمال هدم كنيسة رشيد، والتحفظ على معدات الهدم من لوادر وجرارات زراعية، واتخاذ الإجراءات الكفيلة بحماية العقار وعدم المساس به. وترجع الواقعة إلى قيام أحد أبناء مدينة رشيد بشراء كنيسة رشيد والمحلات المجاورة من بطريرك الروم الأرثوذكس فى عام 1990 بمبلغ 100 ألف جنيه. من جانبها اعترضت الكنيسة الأرثوذكسية المصرية، التى حصلت على تنازل من بطريرك الروم على الكنيسة، كما اعترض مستأجرو المحال التجارية المجاورة لسور الكنيسة، وظلت القضية متداولة فى القضاء لفترة طويلة، حتى قضت المحكمة بملكية المشترى للأرض فى عام 2008. وقد قام مشترى الأرض تنفيذًا للحكم القضائى، بجلب لودر جرارات زراعية لهدم ما تبقى من الكنيسة، التى لا تقام فيها الشعائر الدينية منذ سنوات عديدة، وتجمع على إثر ذلك بعض الأقباط لاعتراض عملية الهدم. من ناحية أخرى أوضح المهندس إبراهيم الشيمى، رئيس مدينة رشيد، أن مجلس المدينة لا شأن له بملكية المبنى، لكن قرار وقف الهدم صدر بسبب عدم صدور ترخيص بالهدم من لجنة المنشآت غير الآيلة للسقوط، وذلك وفقًا للقانون رقم 144 لسنة 2006، حيث لا يجوز الهدم إلا بترخيص وفقًا لأحكام القانون 119 لسنة 2008.