كشف الدكتور رمضان بطيخ أستاذ القانون الدستوري وعضو لجنة نظام الحكم بالجمعية التاسيسية، أن اللجنة حسمت قضية إلحاق القضاء العسكري بباب السلطى القضائية إلى اللجنة العامة بالجمعية التأسيسية لحسمها بالتصويت على أحد المقترحين الذين تقدما بهما أعضاء اللجنة، خاصة بعد النزاع الذي نشب في النقاش حول تبعية القضاء العسكري لوزارة الدفاع أو تبعيته للسلطة القضائية، موضحا أن هذا المقطع من النزاع اختلفت عليه أعضاء اللجنة. وقال بطيخ إن الرأي الأول رأى أن تبعية القضاء العسكري للسلطة القضائية المدنية يعني خروجها من تبعيات وزارة الدفاع قطعيا، بحيث تتلاشى أي علاقة للقضاء العسكري بوزارة الدفاع من حيث تعيين القضاة وضرورة إزالة الرتب وأن يكون خاضع لمحكمة النقض والتدرج في التقاضي وحق الطعن على الأحكام الصادرة من القضاء العسكري، في حين رأى الرأي الأخر والذي تبناه أعضاء الجمعية من القوات المسلحة وهو كيف يتم التوفيق بين ضم القضاء العسكري للسلطة القضائية وبقاءه تابعا لوزارة الدفاع. وأضاف أن الجدل احتدم حول مناقشة هذين المقترحين ما أدى إلى حسم اللجنة للقضية برفعها للتصويت في اللجنة العامة بالجمعية التأسيسية، مؤكدا أنه بالرغم من ذلك إلا أن الجميع اتفق على أن القضاء العسكري يجب أن يتمتع باستقلال وأن هناك ظروفا خاصة يجب ان تراعي في مناقشة هذه القضية وإلحاق القضاء العسكري بباب السلطة القضائية. في حين أوضح الدكتور داود الباز أستاذ القانون الدستوري وعضو لجنة نظام الحكم بالجمعية التأسيسية، أن الأراء التي طرحت حول مناقشة فضية إلحاق القضاء العسكري بباب السلطة القضائية رصدت الإيجابيات والسلبيات التي تحوم حول هذه القضية ومنها ما يحال للقضاء العسكري من جرائم العمليات العسكرية وأسرى الحرب، حيث أكد بعض أعضاء الجمعية على ضرورة إلحاق القضاء العسكري في باب السلطة القضائية المدنية حتى لا تخضع مصر لحرج دولي ناشئ عن مد ولاية المحكمة الجنائية الدولية لمحاكمة بعض الأشخاص في حال بقاء القضاء العسكري إلى باب السلطة التنفيذية لأن هذه المحكمة تشترط أن تكون المحاكمة أمام جهة قضائية مستقلة. في الوقت الذي رأى فيه البعض الأخر خلاف ذلك وقالوا إن نقل القضاء العسكري لباب السلطة القضائية يتطلب تحقيق الشروط التي يجب توفرها في القضاء العسكري وهي إزالة الرتب العسكرية وخضوع هذا القضاء بالكلية للقضاء المدني وليس لوزارة الدفاع، ليكون كل قاضي صاحب رأي حر حتى ينطق ما يقتنع به وليس ما يملى عليه وأن يكون تعيينه بعيدا عن وزير الدفاع باعتباره القائد العام لكل الرتب العسكرية التي يتم من بينها تعيين هؤلاء القضاة وأن يكون اختيار أعضاء القضاء العسكري منذ التحاقهم بالعمل القضائي مثلما يختار أعضاء القضاء المدني وأن يتم التفتيش القضائي على القضاء العسكري كما يتم التفتيش على القضاء المدني، وهو ما لم يعترض عليه ممثلو القوات المسلحة في الجمعية إلا انهم اعترضوا على أن يكون التعيين من قبيل جهة غير القوات المسلحة وهو الأمر الذي اعترض عليه باقي أعضاء اللجنة. وتنص المادة التى اقترح العسكرى اضافتها فى باب السلطة القضائية على أن "القضاء العسكرة هيئة قضائية مستقلة تختص دون غيرها بالفصل فى كافة الجرائم المتعلقة بالقوات المسلحة وضباطها وافراداها على النحو الذى يحدده القانون ولا يجوز محاكمة المدنيين أمام القضاء العسكرى إلا فى الأحوال المبية فى القانون". من جانبه قال المستشار ماجد شبيطة، عضو مجلس الدولة وعضو لجنه نظام الحكم، أنه فى حال ضم "القضاء العسكرى" إلى باب السلطة القضائية فإن قانون القضاء العسكرى لن يكون دستوري، يأتى ذلك فى الوقت الذى كشفت فيه مصادر عن أن أحد ممثلى العسكرى بالجمعية أعرب عن وجود نيه لأنفصال قوانين القضاء العسكرى عن مجلس الدفاع الوطنى على أن تناقش تحت قبه مجلس النواب "الشعب سابقاً" فقط.