العديد من الخلافات تضرب جماعة الإخوان المسلمين فى الخارج والداخل، فما بين حبس وتشرد فى الداخل، بعد ثورة الثلاثين من يونيو عام 2013، والتى أطاحت بالرئيس المعزول محمد مرسي، تعانى القيادة فى الخارج من انقسام واضح بينى جبهة الشباب التى أسسها محمد كمال، وجبهة الكبار والتى ينقسم البعض حول من يديرها، عقب انتشار العديد من الأخبار التى تفيد بوفاة محمود عزت، القائم بأعمال مرشد الجماعة بعد سجن المرشد العام الدكتور محمد بديع، ونائبة الأول، خيرت الشاطر، ومن ثم تؤول الأمور بين كل من إبراهيم منير ومحمود حسين، القياديان فى الجماعة. ويقترح الكثيرون، توجه جماعة الإخوان المسلمين إلى تغيير آليات إدارة الحكم فى الجماعة، عن طريق تحويل نظامها التصويتى فى طريقة اتخاذ القرار من فكر المرشد، إلى سيطرة مجلس الشورى على اتخاذ القرار، دون وجود واعى لمنصب المرشد العام، والذى أصبح له حساسية واضحة من تواجده فى الداخل المصرى، والذى لا يقبل وجود منصب أعلى، يسيطر على عقول الآلاف من المواطنين المصريين، ويتم اختياره من قبل شخصيات دولية أخرى تنتمى للجماعة فى الخارج، ومن ثم إمكانية تحقيق مصالح لهذه الجماعات الخارجية. وفى هذا السياق، قال خالد الزعفرانى، الخبير فى شئون الجماعات الإسلامية والقيادى السابق فى الجماعة، إنه من الصعوبة تغيير آليات إدارة الحكم داخل جماعة الإخوان المسلمين فى الوقت الراهن، خاصة مع تركز الإدارة فى خارج مصر، وهناك منصب للمرشد العام، وقائم بالأعمال بسبب وجود المرشد الدكتور محمد بديع فى السجن، وهو محمود عزت، حتى فى ظل الأخبار المتناثرة عن وفاته، فيوجد الأمين العام للجماعة، الدكتور محمود حسين، والقيادى إبراهيم منير، والذى ألقى كلمة فى مؤتمر تأسيس الجماعة التسعينى التى عقدته تركيا منذ نحو شهر. وأضاف الزعفرانى فى تصريح ل"المصريون"، أن هناك انقسامًا واضحًا داخل جماعة الإخوان المسلمين، ما بين جبهة الشباب وجبهة الإدارة الحالية، وهو الأمر الذى لن يتأتى معه الاتفاق على سياسة واضحة، أو اتجاه واحد داخل الجماعة، وهى أمور يتوجب معها وجود إدارة حقيقية فى الداخل، واتفاق نوعى بين الجماعة وقواعدها، مشيرًا إلى أنه فى كل الأحوال يستتب الوضع من خلال مجلس شورى الجماعة، والذى يترأسه المرشد العام للجماعة. من جهته، أوضح سامح عيد، الخبير فى شئون الجماعات الإسلامية، والقيادى المنشق عن جماعة الإخوان المسلمين، والأهم من وجود آليات جديدة لطريقة الحكم والإدارة داخل جماعة الإخوان المسلمين، هو عمل الجماعة على تجميد نفسها، وعزل نفسها سياسيًا لمدة لا تقل عن خمس سنوات، مشيرًا إلى أنه من المستحيل وجود منصب للمرشد العام مرة أخرى داخل مصر، كما أنه على الرغم من أن اللائحة التنفيذية لجماعة الإخوان المسلمين، تسمح بوجود مرشد عام من الخارج، إلا أنه لم تقبل أى دولة أن يقبع داخلها المرشد العام للجماعة، واستمر الوضع على ما هو عليه بوجود المرشد العام من مصر. وأضاف عيد فى تصريح ل"المصريون"، أن منصب المرشد العام، أصبح يواجه حساسية كبرى من قبل المصريين بشكل عام، خاصة وأنه يشارك فى اختياره، مكتب الإرشاد الدولى للجماعة، والذى يتكون من 13 شخصًا 9 منهم شخصيات مصرية بارزة، منهم الشيخ يوسف القرضاوي، رئيس الاتحاد العالمى لعلماء المسلمين، وقد رفض فى وقت سابق تولى منصب المرشد العام، بسبب تواجده الدائم خارج مصر وبالأخص فى قطر، بسبب عدائية هذا المنصب بدول الخليج، وبالتالى ستتسبب فى حرج واضح لها، أمام جيرانها المملكة العربية السعودية والإمارات، وبالطبع مصر.