منذ اللحظة الأولى لإنشائها خاضت نقابة الصحفيين معارك قوية، سواء ضد الأنظمة أو الحكومات، والتي كان آخرها المعركة الدائرة بين النقابة ووزارة الداخلية منذ اقتحام الأخيرة للأولي للقبض على صحفيين مختبئين بها. ذلك الاقتحام ترتب عليه أحداث كثيرة ومتلاحقة، خاصة مع اللجوء إلي القضاء الذي صدر حكمه مؤخرًا بحبس نقيب الصحفيين يحيي قلاش، ووكيل النقابة خالد البلشي، وسكرتير النقابة جمال عبد الرحيم عامين وكفالة 10 آلاف جنيه لإيقاف التنفيذ. وآثار حبس النقيب ومن معه الجدل حول أسبابه الحقيقية، خاصة أنه لأول مرة في التاريخ يصدر حكم قضائي بحبس نقيب قلعة الحريات. وجاء الحكم على خلفية اتهام المذكورين بإيواء مطلوبين أمنيا، في إشارة إلى الصحفيين عمرو بدر ومحمود السقا اللذين كانا اعتصما في النقابة اعتراضًا على اقتحام الأمن لمنزلهما، على خلفية تظاهرهما اعتراضًا على تسليم جزيرتي "تيران وصنافير" إلى السعودية. وأشارت حيثيات الحكم إلى أن "بدر والسقا" أقرا في التحقيق اتفاقهما مع نقيب الصحفيين على الاحتماء بالنقابة لحين تواصله مع السلطات القضائية للدولة، مؤكدة أنهما أبلغا مجلس النقابة وبدآ الاعتصام عقب إخباره بشكل رسمي وأنهما يعتبران مجلس النقابة طرفًا في الاعتصام. وعقب الحكم، نظم العشرات من الصحفيين وقفة احتجاجية اعتراضًا عليه، وذلك وسط حالة من التكثيف الأمني، فضلاً عن عقد مجلس نقابة الصحفيين عقد اجتماع طارئ قرر فيه اتخاذ الإجراءات القانونية كل للطعن على الحكم أمام محكمة الاستئناف، إيمانًا من النقابة بسلامة موقفها القانوني وعدالة قضيتها. المعركة الثانية خلال حكم الرئيس الأسبق محمد مرسي، انتفضت الجمعية العمومية للصحفيين، بسبب أحكام الحبس على بعض الصحفيين، ما أدى إلى تراجع الأول عن بلاغه المقدم ضد رئيس تحرير الدستور. المعركة الثالثة خاضت النقابة في عهد الرئيس الأسبق محمد حسني مبارك معركة ضد القانون 93 لسنة 1995، والتي تعد معركة تاريخية بحق قادها مجلس النقابة برئاسة النقيب إبراهيم نافع في ذلك الوقت، وازدادت حدة احتجاجات الصحفيين إلى أن تم إسقاط القانون. المعركة الرابعة عارض الصحفيون قرار الرئيس الأسبق محمد أنور السادات بتحويل النقابة إلى نادي للصحفيين، على خلفية أنشطتها ضد الأول بسبب توقيعه لاتفاقية "كامب ديفيد" وتحت ضغط الرفض لهذا القرار وتصاعد مظاهر احتجاجات الصحفيين تراجع مخطط تحويل النقابة إلى نادِ. المعركة الخامسة في سنة 1951 تصدت النقابة لتعديلات قانونية تم طرحها على البرلمان بهدف وضع قيود على الصحافة والصحفيين إثر هجمات وحملات صحفية على حكومة الوفد. وعقدت نقابة الصحفيين جمعية عمومية للاحتجاج على هذه التعديلات، وأصدرت الجمعية قرارًا باحتجاب الصحف احتجاجًا على التعديلات، ما أدى إلى التراجع عن التعديلات. المعركة السادسة فى سنة 1942 أصدر أول مجلس منتخب في نقابة الصحفيين قرارًا بالاحتجاج على تقييد حرية الصحافة، ولما تعذر نشر هذا الاحتجاج بفعل الرقابة أعطيت نسخة منه إلى الدكتور محمد حسين هيكل عضو مجلس الشيوخ فتلاها وسجلها في مضابط المجلس ونشرت في الصحف نقلاً عن المضابط. المعركة السابعة بعد اختيار المجلس الأول للنقابة واجه الرقابة على الصحف، وتعددت حالات حبس الصحفيين، وهو ما دفع الصحافة في البرلمان إلى المطالبة بتخفيف الرقابة على الصحف ومعالجة أمر حبس الصحفيين وعدم الاستغناء عن أي محرر مهما قل عدد صفحات الصحف. المعركة الثامنة وأثناء مناقشة مشروع قانون نقابة الصحفيين في مجلس الشيوخ رفض أحد النواب نصا كانت لا تخلو منه قوانين النقابات المهنية فى ذلك الوقت يحظر الاشتغال بالسياسة. وتساءل النائب حينها: "كيف يحظر على نقابة الصحفيين الاشتغال بالسياسة لأن تكوين نقابة يستلزم الاشتغال بالسياسة فإذا سنت الحكومة قانونًا يحد من حرية الصحف ما يستدعى أن تناقشه النقابة تم منعها لاشتغالها بالسياسة، وهو ما يقتضي الاشتغال بالسياسة"، ونجحت النقابة فى أن تكون أول نقابة لا يحظر قانونها الاشتغال بالسياسة.
