أثار توزيع الأطلس على دول حوض النيل أثناء الاجتماع الإفريقي بأوغندا ملاحظات من جانب المتخصصين، إذا أظهر الأطلس صورة مصر خالية من شبه جزيرة سيناء، على الرغم من أن تلك المنطقة كانت في وقت من الأوقات امتداد طبيعي لنهر النيل. وعلى الرغم من ملاحظة المتخصصين، إلا أن الحكومة المصرية أكدت أن شبه جزيرة سيناء موجودة في الأطلس، مشيرة إلى أنها لتوضيح الأمر شكلت وزارة الموارد المائية والري لجنة خاصة لدراسة الأطلس وبيان ما به من أخطاء، وأن تلك اللجنة مشكلة من قطاع مياه النيل. وقال وزير الموارد المائية والري، الدكتور محمد عبدالعاطي، إنه كلف اللجنة بمراجعة نسخة الأطلس التي تم توزيعها على الوزراء خلال الاجتماع الأخير لوزراء المياه بدول حوض النيل بعنتيبي- أوغندا، وذلك لتحديد الملاحظات المصرية على الأطلس تمهيداً لإرسالها إلى المبادرة. وأوضح أن اللجنة أصدرت تقريرًا بشكل مبدئي يُظهر أن مناطق شمال وجنوب سيناء تظهر بالخرائط داخل الحدود المصرية كما توجد بجداول البيانات الواردة بنسخة الأطلس التي تم توزيعها. من جانبه، قال المهندس وليد حقيقي، المتحدث باسم وزارة الموارد المائية والري، إن هناك تكليفات من وزير الري محمد عبدالعاطي بسرعة دراسة الأطلس الذي تم توزيعه في اجتماع وزراء المياه بدول حوض النيل الأخير بأوغندا. وأضاف ل "المصريون"، أنه تم مراجعة الأطلس بشكل مبدئي ووجد فيه أن سيناء موجودة بالفعل، نافيًا المزاعم التي تُشير إلى حذف سيناء من أطلس دول حوض النيل. أما الدكتور ضياء القوصي، خبير المياه، فأكد أن شبه جزيرة سيناء لا يمكن حذفها من الأطلس لأنها كانت امتداد لحوض النيل قبل بناء قناة السويس، موضحًا أن مصر ستلوم بشدة محاولات دول حوض النيل لإخفاء بعض المعالم التاريخية لحوض النيل. وأضاف ل "المصريون"، أن "مصر تمتلك دلائل على وجود سهل طيني تبلغ مساحته 65 ألف فدان ويسمى ب "سهل الطينة" ويقع بأكمله داخل شبه جزيرة سيناء، لافتًا إلى أن مصر عليها إثبات أن سيناء جزء لايتجزأ من حوض النيل والخارجية عليها توضيح هذا الأمر للدول الإفريقية". وكانت مبادرة حوض النيل، بمدينة عنتيبي الأوغندية، أطلقت أطلس للحوض ضم 10 دول، ولم تظهر فيه شبه جزيرة سيناء، لاعتراض إثيوبيا السابق المقدم إلى الأممالمتحدة على توسعات مصر الزراعية في سيناء عبر ترعة السلام، باعتبارها خارج نطاق حوض النيل.
