أصدر المجلس الأعلى للقوات المسلحة 5 قوانين في إطار السلطة التشريعية التي آلت إليه بعد حل مجلس الشعب، وهي قانون رقم 80 لسنة 2012 بزيادة المعاشات، والقانون رقم 81 بزيادة المعاشات العسكرية، والقانون رقم 82 بالعلاوة الخاصة للعاملين بالدولة، والقانون رقم 83 الخاص بحصة إضافية للمنطقة الحرة، والقانون رقم 84 الخاص بقانون تنظيم الجامعات، كما عدل المجلس بعض أحكام قانون التقاعد والتأمين والمعاشات للقوات المسلحة الصادر برقم 90 لسنة 1975، وتم إقرار القوانين الخمسة من الدكتور محمد مرسي، رئيس الجمهورية. ونصت المادة الأولى من القانون رقم 80 لسنة 2012 على أن «تزداد المعاشات العسكرية بنسبة 15% بدءاً من 30/6/2012، وتعتبر هذه الزيادة جزءا من المعاش، وتسري في شأنها جميع أحكامه، وتستحق هذه الزيادات بحد أدنى خمسين جنيهاً». كما نص القانون على تعديل بعض أحكام قانون التعاقد والمعاشات للقوات المسلحة، بما يضمن أن يصرف للورثة الشرعيين للمستشهد أو المتوفي، في إحدى الحالات المنصوص عليها بالمادة 31 من القانون، مكافأة استشهاد تعادل المكافأة المقررة لشهداء ثورة 25 يناير 2011، وذلك لحالات الاستشهاد التي حدثت اعتبارا من هذا التاريخ. ونصت المادة الرابعة من هذا القانون على أن «يكون الحد الأدنى للمعاش، المقرر لحالات انتهاء الخدمة بالاستشهاد أو الوفاة أو عدم اللياقة الصحية متى كان ذلك بسبب عمليات حربية، مساوياً للمعاش المقرر لشهداء ثورة 25 يناير، وذلك بالنسبة للحالات التي حدثت بعد هذا التاريخ». ونص القانون رقم 81 لسنة 2012 على «زيادة المعاشات العامة بنسبة 15% اعتبارا من أول يوليو 2012، بحد أدنى خمسين جنيها وبدون حد أقصى، على أن تتحمل الخزانة العامة للدولة الأعباء المالية المترتبة على تنفيذ هذا القانون». أما القانون رقم 82 لسنة 2012 الخاص بمنح العاملين بالدولة علاوة خاصة فنص على أنه «يمنح جميع من بالدولة علاوة خاصة شهرية، اعتبارا من أول يوليو 2012، بنسبة 15% من الأجر الأساسي، ولا تعتبر هذه العلاوة جزءا من الأجر الأساسي، ولا تخضع لأي ضرائب أو رسوم». ونص القانون رقم 83 لسنة 2012 على «تقرير حصة استيرادية للمنطقة الحرة ببورسعيد، معفاة من الضرائب الجمركية بمبلغ 10 ملايين جنيه، كحصة إضافية لعام 2012، تضاف إلى الحصة المقررة بالمادة الثانية بالمرسوم بقانون رقم 119 لتصبح 30 مليون جنيه، على أن يقوم مجلس إدارة المنطقة الحرة بتوزيعها وفقا للقواعد والأسس التي يحددها القانون». وعدّل القانون رقم 84 لسنة 2012 بعض أحكام القانون رقم 49 لسنة 1972 الخاص بتنظيم الجامعات، وأقر «زيادة قيمة بدل الجامعة لأعضاء هيئة التدريس والوظائف المعاونة بالجامعات اعتبارا من أول يوليو 2012، بحيث يحصل عضو هيئة التدريس بوظيفة أستاذ على بدل جامعة شهري قدره 3500 جنيه، ويحصل الأستاذ المساعد على بدل شهري 3000 جنيه، ويحصل المدرس على بدل شهري 2500 جنيه، وبالنسبة للوظائف المعاونة يحصل المدرس المساعد على 1500 جنيه شهريا، والمعيد على 1000 جنيه شهريا». وحدد المجلس العسكري القواعد الخاصة بتطبيق العلاوة الدورية السنوية في أول شهر يناير يكون تاليا على مرور عام على التعيين في إحدى وظائف هيئة التدريس، أو وظيفة مدرس مساعد، أو من تاريخ سنة على استحقاق العلاوة الدورية السابقة.
