استدعت محكمة جنايات الجيزة الشاهد محمد رفاعة الطهطاوي للاستماع لشاهدته على سبيل الاستدلال في قضية التخابر مع قطر، حيث كان يرتدي بدلة السجن الزرقاء، فأجاب بإنه حكم عليه في جنايتن لا يتذكر أرقامهما أحدهما جناية بتهمة استغلال النفوذ وحكم عليه بالسجن 3 سنوات، والثانية القضية المعروفة إعلاميًا باسم «التخابر» وحكم عليه فيها بالسجن 7 سنوات. وأضاف الشاهد أنه توجه إلى مقر رئاسة الجمهورية خلال حكم مرسي يوم 8 أغسطس 2012 وانتظر نصف ساعة من أجل مقابلة محمد مرسي غير أن الأخير لم يقابله، وعقب انصرافه فوجئ باتصال هاتفي من الرئيس مرسي آنذاك يخبره بتعينه رئيسًا لديوان الجمهورية وسأله هل تقبل فرد عليه بالإيجاب، مضيفًا وجود علاقة صداقة مع مرسي في مايو 2012 وكان يلتقيا للتشاور في الأمور الجارية إضافة إلى تأييده لمرسي كرئيسًا للجمهورية. وأشار إلى أنه بدء العمل برئاسة الجمهورية في اليوم التالي بصدور القرار الجمهوري اعتبارًا من 9 أغسطس وكان مسؤولاً عن البريد الإلكتروني الذي يصل إلى الديوان والقرارات الجمهورية ومواعيد السفراء وكل ما يتعلق بمؤسسة الرئاسة وإدارة الأمناء. ولفت «الطهطاوي» إلى أن المراسلات التي كان يعرضها على رئيس الجمهورية تسجل بساعة ورودها في سجل خاص ثم تصل إلى مدير مكتبه وتعرض عليه وكانت تضمن مشاريع القوانين وبعض المشاريع المعتمدة من الحكومة ومواقع اعتماد السفراء، موضحًا أنه خلال فترة وجوده كانت المراسلات الإلكترونية القادمة من الجهات السيادية تأتي من المخابرات العامة والقوات المسلحة ووزارة الداخلية والخارجية لا تعرض عليه ماعدا وزارة العدل وكانت تعرض على مكتب الرئيس. وذكر أن المراسلات الواردة إلى البريد كان يعرضها على الرئيس وبعض أن يؤشر عليها فإذا كانت التاشيرة تضمن إجراءًا فهناك سجل خاص يسجل فيه المكاتبة والتأشيرة والإجراء الذي تم لتنفيذ التأشيرة والمكاتبات التي لا يؤشر عليها بإجراء تحفظ في الأرشيف داخل دفاتير دقيقة، موضحًا أن مكاتبات الجهات السيادية كان تأتي عن طريق الوزير المختص للجهة ويعرضها على الرئيس أو تأتي في مظروف سري تعرض على الرئيس.
