قال رئيس ديوان رئيس الجمهورية الأسبق في عهد الرئيس المعزول "محمد مرسي، والذي يحاكم أمام محكمة الجنايات بتهمة "التخابر مع قطر" - أنه لا توجد أي لوائح منظمة لقواعد حفظ المراسلات الموجهة لرئاسة الجمهورية، وأن المراسلات التي تحمل درجة من درجات السرية تٌعامل معاملة خاصة وتحفظ بالأرشيف السري. وشدد محمد رفاعة الطهطاوي على أنه لا يجوز تداول أي مراسلات أو مكاتبات صادرة من جهات سيادية الى رئاسة الجمهورية إلا عبر المختصين. ووجه القاضي سؤاله للطهطاوي حول ورود مذكرة تحمل درجة سري للغاية بعنوان "إجراءات مجابهة الأحداث المنتظرة إعتباراً من الجمعة 28 يونيو حتى الأحد الموافق 30 يونيو وكانت مذيلة بتوقيعه تدور حول تعليمات تأمين الوثائق موضحاً له بأن تلك الأوراق كانت من ضمن مضبوطات القضية، رغم أن الطهطاوي نفى من قبل اطلاعه على الوثائق السرية. وردّ رئيس ديوان رئيس الجمهورية بأن من أعد تلك المذكرة هو اللواء "أسامة الجندي" مدير أمن الرئاسة بناء على تكليفه، وتابع بأنه اعتمدها ووقعها، وان الجهات المخاطبة بها مثبتة بالمذكرة. وأجاب الطهطاوي على سؤال المحكمة عن حمل المذكرة لدرجة "سري للغاية" وما يعنيه ذلك بالقول بأنه يعني انه لا يطلع عليها سوى إدارات التنفيذ و الديوان المنوط بها تنفيذ المذكرة. وكانت النيابة قد أسندت إلى الرئيس المعزول محمد مرسي وبقية المتهمين اتهامات عديدة، من بينها ارتكاب جرائم الحصول على سر من أسرار الدفاع، واختلاس الوثائق والمستندات الصادرة من الجهات السيادية للبلاد والمتعلقة بأمن الدولة وإخفائها وإفشائها إلى دولة أجنبية والتخابر معها بقصد الإضرار بمركز البلاد الحربي والسياسي والدبلوماسي والاقتصادي وبمصالحها القومية. كما نسبت النيابة للمتهمين طلب أموال ممن يعلمون لمصلحة دولة أجنبية، بقصد ارتكاب عمل ضار بمصلحة البلاد، والاشتراك في اتفاق جنائي الغرض منه ارتكاب الجرائم السابقة، وتولي قيادة والانضمام لجماعة إرهابية تأسست على خلاف أحكام القانون الغرض منها الدعوة إلى تعطيل أحكام الدستور والقوانين ومنع مؤسسات الدولة والسلطات العامة من ممارسة أعمالها والاعتداء على الحريات
