شيخ الأزهر أحمد الطيب استنكر فضيلة الإمام الأكبر أحمد الطيب، شيخ الأزهر، خطاب البابا بنديكت الثالث، بابا الفاتيكان، ووصفه بأنه يمثل "تدخلا في شؤون مصر"، مشيرا إلى تجاهل "بنديكت" دماء المسلمين في فلسطين والعراق، مضيفا: "تحدث البابا عندما اختص الأمر بالأقباط فقط، وهذا كلام خاطئ ينم عن عدم فهم للواقع بين الأقباط والمسلمين". وقال لبرنامج العاشرة مساء مع المذيعة منى الشاذلي: "لا بد أن يكون بنديكت رجل سلام لجميع الديانات"، مشيرا إلى أن زيارة البابا لإسرائيل لم تتضمن زيارة إلى الأراضي المحتلة، نافياً أن يقصد بكلامه اتهام بابا الفاتيكان ب"العنصرية". كما وصف شيخ الأزهر حادث الإسكندرية ب"المأساوي"؛ لأنه استهدف "ناس خارجة من بيوت العبادة"، وأكد أن الأديان بريئة منهم، وأضاف: "المقصود من الحادثة هو ضرب استقرار مصر، وما حدث كان من ضمن خطة تقسيم وتفتيت العالم العربي والإسلامي"، وحذر من أن السيناريو المقبل يهدف إلى الوقيعة بين السنة والشيعة، وأن الخطة بدأت بالفعل في السودان، فضلاً عن محاولات تقسيم اليمن والعراق. وعن خروج الأقباط في مظاهرات غاضبة وترديد عبارات مسيئة للأزهر والمشيخة، قال: أنظر إليهم باعتبارهم أولادي وبناتي، وأنا حزين جدا لأنهم مشحونون بالكلمات وهذا يقلقني كثيرا. ونفى فضيلتة ما أثير عن دور الأزهر أو أي جهات دينية إسلامية في منع بناء الكنائس، حيث قال: "دي مسألة تخص مجلس الشعب، وهو أمر يخضع للإمكانات سواء للمساجد أو الكنائس"، مشدداً على أن الإسلام ليس ضد بناء الكنائس بل إنه حث على حمايتها.
