غادر جثمان البابا شنودة الثالث، بابا الإسكندرية وبطريرك الكرازة المرقسية القاهرة، بعد الصلاة عليه مستقلًا طائرة حربية من مطار ألماظة إلى دير الأنبا بيشوى بوادى النطرون، وقد كانت جنازة البابا، بالكاتدرائية المرقسية بالعباسية مهيبة وخاشعة وحزينة وكلها ومرت دون أحداث تعكر صفوها. احتشد كل رموز المجتمع العالمى من رجال دين وسياسة ومجتمع، وودعوا البابا، ولم تكن الصلاة مجرد شعائر ولكنها استمرت طوال ليلة أمس، حيث أقيم قداس جنائزى فى الخامسة، وتلاه صلاة الجنازة فى العاشرة، والتى بدأت برئاسة الأب باولوس بطريرك الكاثوليك، ثم مطران السريان ثم بدأت صلاة الكنيسة المصرية الأرثوذكسية برئاسة الأنبا باخوميوس أسقف البحيرة والمتولى مهام القائم مقام لمدة شهرين. وقد بكى كل من بالكاتدرائية عند تلاوة كلمات البابا شنودة إلى شعبه فى صورة وصية قائلا "أسألكم يا أولادى الأحباء احفظوا الأمانة.. أحبوا بعضكم بعضا محبة حقيقية.. اسمعوا الخير.. لا تدعو العالم يضلكم.. لا تتوانوا فى خدمة الله.. احفظوا ألسنتكم من الوقيعة.. احفظوا أجسادكم طاهرة للرب.. اصنعوا مخافة الله.. ويشهد الله يا أولادى أننى لم أخف عنكم من كلام الله شيئًا ولم أنم قط وهناك ملامة بينى وبين واحد منكم". بعد وصية ونصائح طويلة، طلب البابا أن يصلى له الجميع وأن يقيم الله راعيًا صالحًا جديدًا يرضى الشعب ويسوسه، وبعدها وجه الأنبا بيشوى الشكر لمصر كلها ولكل من حضر من دول العالم، ثم حمل الأساقفة والكهنة جثمان البابا شنودة الى سيارة خاصة ومنها الى مطار ألماظة ليتم دفنه فى دير الأنبا بيشوى فى مقبرة خاصة مصحوبا بكل الدعاء أن يجازيه الله خيرا عما فعله من أجل مصر والبشرية جميعا.