كلف المستشار طلعت إبراهيم، النائب العام، المخابرات العامة والحربية وجهاز الأمن الوطنى، بإجراء التحريات حول الاشتباكات التى وقعت أمام قصر الاتحادية بين مؤيدى ومعارضى الرئيس، من أجل التوصل إلى المحرضين والقاتلين الفعليين الذين أطلقوا الأعيرة النارية والخرطوش على المتظاهرين من الجانبين، ما أدى إلى سقوط قتلى ومصابين، كما طلبت النيابة بإشراف المستشار مصطفى خاطر، المحامى العام الأول لنيابات شرق القاهرة، التسجيلات ومقاطع الفيديو من التليفزيون المصرى التى تم تسجيلها أثناء تغطية الأحداث، لتفريغ محتوى هذه الشرائط والأسطوانات بمعرفة لجان فنية متخصصة. وفى استجابة من المواطنين لنداءات النائب العام بسرعة توجه شهود العيان إلى النيابات التى تباشر التحقيق للإدلاء بشهاداتهم، حضر 250 فرداً منهم عدد يقيمون بالقرب من قصر الاتحادية وآخرون تصادف سيرهم أثناء حدوث الاشتباكات، إلى مجمع محاكم مصر الجديدة من أجل الإدلاء بشهاداتهم فى الواقعة. وبدأت نيابة مصر الجديدة، برئاسة المستشار إبراهيم صالح، وبمعاونة 32 من وكلاء نيابات شرق القاهرة فى الاستماع إلى شهود العيان من أجل التوصل إلى المتهمين الذين نفذوا هذه الجرائم، وتقوم النيابة بإثبات أقوال جميع شهود العيان فى محاضر رسمية لضمها إلى محاضر التحقيقات، كما تنتظر النيابة قدوم شهود العيان من معارضى الرئيس فى يوم آخر من أجل التوصل إلى جميع الشهادات لمطابقتها بالتحريات التى ستقدمها جهات التحقيق. وقررت النيابات إخلاء سبيل 134 متهماً بعد أن تم احتجازهم لمدة يوم لحين وصول تحريات المباحث التى برأتهم من إطلاق الرصاص على المتظاهرين، بالإضافة إلى تشكيك دفاع المتهمين فى صحة القبض على 54 متهماً سلمتهم جماعة الإخوان المسلمين للشرطة بعد أن تمكن عدد من شباب الإخوان من القبض عليهم، إلا أنهم أقروا أمام النيابة بتعرضهم للتعذيب والضرب المبرح من شباب الإخوان وأجبروهم على الاعتراف بإطلاق الرصاص عليهم، وأنكر المتهمون الاتهامات التى نسبتها النيابة إليهم وهى الإتلاف العمدى للممتلكات العامة والخاصة وإحداث الفوضى والشغب وحيازة أسلحة نارية وزجاجات مولوتوف. كان المستشار مصطفى خاطر، المحامى العام الأول لنيابات شرق القاهرة، قد عاين مسرح الأحداث وكان بصحبته قرابة 32 من أعضاء النيابة، وتبين من معاينة مسرح الأحداث احتراق 12 سيارة من بينها 9 سيارات تابعة للشرطة، منها 3 سيارات إطفاء، وحرزت النيابة 6 أسلحة خرطوش تم ضبطها مع المتهمين و140 طلقة خرطوش، بعد أن ألقى القبض على 138 متهماً فى مكان الأحداث، وتم التحقيق معهم وقررت النيابة حبس 4 منهم فى حين أخلى سبيل باقى المتهمين بعد أن برأتهم تحريات المباحث.
