أجرت نيابة شمال أسيوط معاينة جديدة على موقع الحادث وغرفة عامل المزلقان، وتحفظت على الدفتر الخاص بالحضور والانصراف. واكتشفت النيابة من خلال معاينتها للدفتر أن العامل لم يوقع في الدفتر يوم الحادث، واستشهد عامل المزلقان بأحد الخفراء على تواجده، مؤكدا أن الخفير كان يمر بالصدفة وتحدث معه وأنه شاهد الحادث. وأضاف عامل المزلقان أنه بعد وقوع الحادث هرب خوفا من تعدي أهالي الضحايا عليه. وقال خبير من هيئة السكة الحديد أن طبيعة عمل المزلقان تتطلب تواجده على شريط السكة، وكان عليه أن يتصل بعامل البلوك السابق له لمعرفة سبب تأخر القطار ووضع كبسولة أمامه. وبينت المعاينة الثانية للنيابة على موقع الحادث سلامة البوابات وأنها حديثة، ويتم فتحها وغلقها بسهولة وحصلت النيابة الكلية على شهادة بيانات من مرور أسيوط تفيد أن حمولة أتوبيس الحادث التابع الخاص بمعهد النور الأزهري هي 29 فرد فقط، ولكن عدد الضحايا والمصابين بلغ 69 شخص. وأكدت مصادر بنيابة شمال أسيوط أنه جاري تفريغ الصندوق الأسود من خلال اللجنة الفنية المشكلة من مجموعة من الخبراء والمختصين، والذي يحوي بداخله على جهاز تسجيل لرصد أخر الأحاديث التي تمت بين السائق ومساعده وسرعة القطار وقت وقوع التصادم والتوقيت التي حدث فيه التصادم. وقال يوسف بشري -سائق القطار- في التحقيقات إنه لم يتلق أي تنبيهات بوجود عائق على الطريق وأنه كان يسير بالسرعة القانونية التي لم تتجاوز 120 كم، وأن المسافة من منقباد المحطة السابقة للمندرة لا تمهله الوقت بأن يتعدى السرعة القانونية. وأكد سائق القطار أنه لم يتلق أي إشارات من عامل المزلقان سواء الحواتكة أو المندرة، ولم يضعوا له كبسولة تحذيرية وكذلك لم يشاهد عامل مزلقان المندرة وفوجئ بالأتوبيس يسير أمامه فلم يستطع أن يقف بالقطار بشكل مفاجئ.