أجرت نيابة منفلوط معاينة على موقع الحادث وغرفة عامل المزلقان وتحفظت على الدفتر الخاص بالحضور والإنصراف وأكتشفت من معاينتها للدفتر أن العامل لم يوقع في هذا اليوم فيه، فيما استشهد عامل المزلقان بأحد الخفراء على تواجده، مؤكدا ان الخفير كان يمر بالصدفة وتحدث معه وانه شاهد الحادث مضيفاً انه بعد وقوع الحادث هرب خوفا من تعدي أهالي الضحايا عليم. وقال خبير من هيئة السكة الحديد أن طبيعة عمل المزلقان تتطلب تواجده على شريط السكة وكان عليه أن يتصل بعامل البلوك السابق له لمعرفة سبب تأخر القطار ووضع كبسولة أمامه، حيث بينت المعاينة الأولية للنيابة على موقع الحادث سلامة البوابات وأنها حديثة ويتم فتحها وغلقها بسهولة وحصلت النيابة الكلية على شهادة بيانات من مرور أسيوط تفيد أن حمولة أتوبيس الحادث التابع الخاص بمعهد النور الأزهري هي 29 فرد فقط في حيث ان عدد الضحايا والمصابين بلغ 69 شخص، وأكدت مصادر بنيابات شمال انه جاري تفريغ الصندوق الأسود من خلال لجنة الفنية مشكلة من مجموعة من الخبراء والمختصين والذي يحوي بداخلة على جهاز تسجيل لرصد أخر الأحاديث التي تمت بين السائق ومساعده وسرعة القطار وقت وقوع التصادم والتوقيت التي حدث فيه التصادم.
وقال يوسف بشري «سائق القطار» في التحقيقات انه لم يتلقى أي تنبيهات بوجود عائق على الطريق وأنه كان يسير بالسرعة القانونية التي لم تتجاوز 120 كم وان المسافة من منقباد «المحطة السابقة للمندرة»لا تمهله الوقت بان يتعدى السرعة القانونية، وأكد انه لم يتلقى أي إشارات من عامل المزلقان سواء الحواتكة اوالمندرة ولم يضعوا له كبسولة تحذيرية وكذلك لم يشاهد عامل مزلقان المندرة وفوجئ بالأتوبيس يسير أمامه فلم يستطع ان يقف بالقطار بشكل مفاجئ.