صاحبت العديد من الشائعات خبر اختطاف الطائرة المصرية ، رغم أن مدة الحادث لم تتجاوز ال 7 ساعات. وبعد أن شهدت مصر حالة من القلق بعد إعلان طائرة مصر للطيران، والذهاب بها إلى قبرص، مع العديد من السيناريوهات والشائعات، تمكنت الجهات الأمنية من السيطرة على الوضع والقبض على الخاطف، دون تعرض أي شخص للأذى. وكانت أبرز الشائعات المصاحبة للحادث، هي: - الخاطف "د.إبراهيم سماحة" الدكتور بجامعة الإسكندرية كانت أول الشائعات هي اتهام د.إبراهيم سماحة، الأستاذ بكلية الطب البيطري بجامعة الإسكندرية «إدفينا»، بأنه الخاطف للطائرة المصرية. وبعد ساعات قليلة، صرحت زوجة الدكتور أن زوجها تم الإفراج عنه ضمن الركاب الذين أفرج عنهم، وهو الآن بمطار لارنك، ليظهر أن الخاطف الحقيقي هو أستاذ التاريخ "سيف الدين مصطفى". - دواعي خطف الطائرة المصرية "رومانسية" بين الخاطف وطليقته تناقلت الأنباء شائعة أخرى، تربط حادث اختطاف الطائرة بالأمور الشخصية، وأن الخاطف قام بهذا العمل من أجل محاولة إصلاح ما بينه وبين طليقته القبرصية، مما دفعه للذهاب إلى قبرص وطلب اللجوء. - الخاطف يرتدي "حزامًا ناسفًا" كانت هناك شائعة أخرى صدقها طاقم الطائرة والمختطفين، وهي أن الخاطف يرتدي حزامًا ناسفًا، حتى أعلنت السلطات القبرصية، إن خاطف الطائرة المصرية سيف الدين مصطفي لم يكن يرتدي حزاما ناسفا .
