كشفت تحقيقات نيابة أمن الدولة العليا بشأن القضية المسماة إعلاميًا بقضية "العلماء" المتهم فيها 200 متهماً من أنصار جماعة بيت المقدس و حركة حماس الإرهابية، تفاصيل خطيرة عن محاولة التنظيم تفجير مجرى قناة السويس بمادة "تي.إن.تي". كما خطط التنظيم لاغتيال كل من المشير عبد الفتاح السيسي وزير الدفاع السابق، واللواء محمد إبراهيم وزير الداخلية وعدد من ضباط الشرطة. وأوضحت التحقيقات أن تنظيم بيت المقدس خطط لتصنيع غواصة تحوى كمية 3 طن من مادة "تي.إن.تي" لإغراقها في المجرى الملاحي لقناة السويس، وتفجيرها عن بعد لتخريب أرصفة المجرى الملاحي وتعطيل سير السفن بداخلها. وكان المسؤول عن تصنيع تلك الغواصة المتهم "هاني.أ.م" -مهندس برمجيات- إلا أنه ضبط قبل إتمام تنفيذ التصنيع، وكان قد بدء بالفعل في تصنيع الغواصة في محافظة الإسماعيلية مقر كتائب الفرقان، وضبط مع المتهم المتفجرات ودوائر التفجير . واعترف المتهمان (هاني.ع) و(محمد.ص.ع) بالتخطيط لضرب المجرى الملاحي لقناة السويس بهدف إظهار الدولة بمظهر الضعف، وإنها غير مسيطرة على مؤسساتها، حتى تكون ذريعة للتدخل الأجنبي في شؤون مصر. وكشف مصدر قضائي مطلع عن أن معاهدة قناة السويس المبرمة في عام 1811، نصت بالفعل في موادها على مسئولية مصر في حماية السفن المارة بقناة السويس، وفي حالة فشلها في ذلك يحق للدول الموقعة على المعاهدة التدخل في إدارة قناة السويس. وأشار المتهمان إلى أنه جرى التنسيق ما بين المتهم محمد نصر وهاني عامر، مسئولا كتائب الفرقان، مع المتهم توفيق فريك، مسئول كتائب بيت المقدس، على ضرب إحدى السفن الأمريكية المارة بقناة السويس ولم يستطيعا تحديد أية سفينة بعينها . واتفق المتهمون في النهاية على صعوبة تحديد سفينة أمريكية بعينها، واتفقوا على ضرب السفن المارة بقناة السويس، وتنفيذًا لذلك قاموا بضرب بارجتين إحداهما صينية، والأخرى هندية في 21 أغسطس 2013 و24 يوليو 2013. وتم ضربهما بواسطة صواريخ "آر.بي.جي" مما نتج عن الحادث وقوع تلفيات في مقدمة إحدى السفينتين وتلفيات في حاويات السفينة الأخرى . وكشفت التحقيقات عن قيام هاني عامر وهشام محمد المهدي عقل واحمد سليمان محمد سليمان بتنفيذ تلك العمليات الإرهابية، خلال استقلالهم سيارة ملاكي خاصة ماركة نيسان ملك المتهم الثاني، وأطلقوا الصواريخ من فجوة بالمخرج رقم 6 للطريق الملاحي، بعد حصولهم على خرائط للمجرى الملاحي بواسطة برامج الخرائط الحديثة. بالإضافة إلى رصدهم تحركات دخول و خروج السفن، وقام المتهمون بتصوير إطلاق الصواريخ، و وضعوا مقطع الفيديو على موقع كتائب الفرقان من أجل تقوية الجماعة الإرهابية إعلاميا لحين الإعلان الوهمي عن الدمج بين تلك الخلية وجماعة أنصار بيت المقدس الإرهابية، من اجل خلق نوع من الإرهاب و الخوف لدى المجتمع المصري. أشرف على التحقيقات المستشار تامر الفرجاني المحامي العام الأول لنيابة أمن الدولة العليا، والمستشار خالد ضياء الدين، المحامي العام، وباشر التحقيق كل من أيمن بدوى وإسلام حمد وإلياس إمام وعبد العليم فاروق ومحمد منصور ومحمد خاطر وأحمد الضبع وأحمد عبد العزيز وضياء عابد ومحمد جمال رؤساء النيابة.
