أكدت الأحزاب السياسية أن مستقبل مصر سيشهد حالة من الصراعات وعدم الاستقرار في حالة وصول الدكتور محمد مرسي مرشح جماعة الإخوان المسلمين أو الفريق أحمد شفيق لرئاسة الجمهورية, وقالوا إن مصر بين خيارين إما الاستبداد الديني أو الاستبداد العسكري والخياران كلاهما أسوأ وأصعب. ووصفت نتائج الانتخابات بأنها مخيبة للآمال وصادمة واقترحت أن تقوم القوي الوطنية والثورية بالاتفاق علي خارطة طريق من خلال تشكيل مجلس رئاسي في إطار عمل مشترك, فيما قالت الأحزاب المدنية انها ستجتمع خلال الأيام المقبلة للاتفاق علي خطوات معينة كشرط لتأييدها لأي من المرشحين في جولة الإعادة, علي أن يلتزم بها. ووصف الدكتور يسري حماد عضو الهيئة العليا لحزب النور, والمتحدث الرسمي للحزب نتيجة الانتخابات الرئاسية, وما أسفرت عنه من تفوق الدكتور محمد مرسي, والفريق أحمد شفيق بأنه'' مخيب للآمال'' وأرجع ذلك إلي أن التصويت لم يشهد إلا نسبة39% من أبناء الشعب المصري ضمانا لأن يكون الاستفتاء معبرا عن رأي الشعب ككل, حتي لا تتم سرقة الثورة من جديد. وأوضح أنه في حال فوز'' شفيق'' بانتخابات الرئاسة ووصوله للحكم سيهدد طموحات الشعب المصري الحرية والديمقراطية والعدالة الاجتماعية, وهو ما يثير شكوكا حول ملفات الفساد التي تنتظره في أدراج النائب العام. وقال الخولي سكرتير عام حزب الوفد إن هذه النتيجة تمثل اختيار شعب, وأنه يجب احترام إرادته أيا كانت هوية الرئيس القادم, كما أننا بدأنا الديمقراطية, وبالتالي لن يكون هناك فرعون جديد لأن الصناديق التي تأتي بشخص هي التي تغيره. ومن جانبه قال باسل عادل عضو المكتب السياسي لحزب المصريين الأحرار, وعضو مجلس الشعب إن نتيجة الانتخابات تمثل حالة من حالات المجتمع المصري التي تعكس عدم رضاء المجتمع علي المرحلة الانتقالية ومخرجات الثورة المصرية, لافتا إلي أنه سيكون هناك حالة من الاعتراض علي جماعة الإخوان المسلمين ومنهجهم. بينما وصف الدكتور أيمن نور رئيس حزب غد الثورة النتيجة بأنها'' صادمة'' يتحمل مسئوليتها مرشحو الثورة الذين رفضوا التوحد علي مرشح رئاسي واحد, وقال إنه علي الرغم من عدم تزوير في الانتخابات, إلا أنها ليست عادلة لأن أكثر من نصف المرشحين تم إقصاؤهم من العملية الانتخابية قبل صندوق الانتخابات, بالإضافة إلي الإنفاق المالي الضخم الذي يخل بقواعد العدالة الانتخابية من خلال تناسب الفرص بين المرشحين. وأشار إلي أن مصر ستشهد حالة من الصراعات وعدم الاستقرار في حالة وصول الدكتور محمد مرسي أو الفريق أحمد شفيق لرئاسة الجمهورية, لأن مصر ستكون أمام خيارين إما الاستبداد الديني أو الاستبداد العسكري.