أثار عقد جلسات سرية للجنة الخمسين الكثير من اللغط والشكوك حول أسباب سريتها، واستبعاد الاعضاء الاحتياطيين، حيث فسر البعض ذلك، بأنه محاولة لإخفاء الخلافات بعيدًا عن أعين وسائل الإعلام، بينما رأى آخرون أن فى ذلك محاولة للحد من إظهار بعض أعضاء اللجنة أنفسهم أمام الإعلام على طريقة "توك شو". فى البداية يقول عضو مجلس الشعب السابق عبد الله المغازى، تعليقًا على سرية الجلسات إن هناك خلافات بين أعضاء الخمسين، يخشون أن تظهر أمام الرأى العام، حتى لا يتردد أن اللجنة لا تشهد توافقاً، ودليل ذلك أن لجنة الخمسين بدأت التصويت على المواد المتوافق عليها. وأكد المغازى أن الدستور ملك للشعب ويجب أن يحضره الأعضاء الاحتياطيون دون أن يكون لهم حق التصويت. وطالب المغازى بوضع مادة انتقالية فى الدستور، تنص على منع أعضاء اللجنة من الترشح للانتخابات الرئاسية والبرلمانية فى الدورة المقبلة فقط، بحيث لا يعمل أى عضو منهم على تحقيق مصالح شخصية من خلال عضويته بالخمسين، وذلك بهدف صياغة دستور وطنى خالص، وأن هذه المادة سنتها عدة دول أثناء صياغة دستورها. وكشف المغازى، فى تصريحات خاصة ل"بوابة الأهرام" أن أحد الأعضاء الاحتياطيين بلجنة الخمسين قال له إن هناك عضوا باللجنة يطمح فى رئاسة مجلس الشورى لذلك تم تمريره، والموافقة على استمراره تحت مسمى "مجلس الشيوخ". بينما يقول الدكتور حسن نافعة أستاذ العلوم السياسية، إنه يجب من البداية ألا يحضر الأعضاء الاحتياطيون الجلسات، لأن وظيفتهم الأساسية هى أن يحل أحدهم محل العضو فى حال حدوث ظرف ما يحول دون حضوره. ولذا يرى نافعة أن حضور الاحتياطيين يضيع الوقت، الذى أصبح محدودًا أمام اللجنة لتنهى عملها.. وكان حضورهم خطأ من البداية، ونحن دائما هكذا، نترك الأمور للاجتهادات ولا ندقق فى الأمور الإجرائية. على الجانب الآخر، يتفق سيد عبد العال، رئيس حزب التجمع، مع سرية جلسات التصويت، لأن هناك أعضاء تكون نقاشاتهم ومداخلاتهم بغرض إظهار أنفسهم، ونقل رسالة معينة للرأى العام، أكثر من حرصهم على التعديلات الدستورية نفسها. ويقول عبدالعال، إن الجلسات الحالية أولية، هدفها استكشاف الآراء ومحاولة الوصول إلى توافق على المواد المختلف عليها، وأتمنى أن تكون الجلسة النهائية للتصويت على الدستور علنية.